В 1222 г. великий князь Георгий Всеволодович строит новый собор, который с позднейшими перестройками дошел до наших дней. Через три года, в 1225 г. собор был освящен епископом Симоном. В 1233 г. – расписан, тщанием епископа Митрофана. Но спустя четыре года, в 1237 г., при нашествии Батыя, собор был разграблен, и после этого, около трехсот лет находился в жалком состоянии. В 1528 г. епископ Суздальский Геннадий получил от великого князя Василия Ивановича дозволение и средства на перестройку соборной церкви. Вновь собор был освящен 23 декабря 1530 г.
25 марта 1577 г. в Суздале произошел большой пожар, от которого сильно пострадал и Рождественский собор. После пожара он был возобновлен Суздальским епископом Варлаамом 1[8]. В начале XVII в. собор был ограблен поляками и литовцами. В 1635–1636 г. по повелению царя Михаила Федоровича, архиепископ Суздальский Серапион привел собор в прежний вид. Он устроил приделы во имя свв. Федора и Иоанна Суздальских чудотворцев. Близ собора соорудили каменную шатровую колокольню с двумя престолами в нижнем ярусе – Благовещенском и св. мч. Феодосии. Но, восстановленный Серапионом в древнем вкусе, собор был мрачен и тесен. Он хранил до сорока гробниц князей и епископов. Поэтому митрополит Суздальский Иларион (1682–1708) произвел реставрацию собора: снял надгробные камни, упразднил хоры, устроил большие окна. При нем был сооружен новый иконостас, многие иконы в котором принадлежат кисти Симона Ушакова и его учеников. Собор Илариона отличался величественностью и внутренним богатством.
Митрополит Иларион перестроил церковь внутри колокольни. Он упразднил престол св. мч. Феодосии, а Благовещенский храм сделал теплым, там стали служить в зимнее время, а в воскресные дни и праздники литургии в нем совершал сам митрополит. При соборе митрополит Иларион построил большой архиерейский дом.
Вскоре после смерти митрополита Илариона, в 1719 г. в Суздале произошел сильный пожар, от которого пострадал и весь комплекс соборных построек. Погорел и архиерейский дом, так что епископ Варлаам (Линицкий), назначенный после пожара на Суздальскую кафедру, вынужден был жить в домовом с. Красном, в трех верстах от Суздаля. За время своего правления, епископ Варлаам смог произвести только перестройки в самом соборе.
Окончательно собор был возобновлен преосв. Порфирием, который сразу по прибытии на Суздальскую кафедру стал хлопотать о восстановлении храма. Реставрировав собор снаружи и изнутри, он построил по левую сторону от него теплую церковь Благовещения Пресвятой Богородицы и возвел каменную ограду.
Стараниями епископа Виктора, вступившего на Суздальскую кафедру в 1788 г., были обновлены и украшены образа. Когда стало не хватать серебра и золота для украшения икон, епископ предписал священникам срезать с своих риз серебряные позолоченные позументы, которыми тогда обшивалось края священнических облачений, для отличия от диаконских. Правда, лишив священников позументов, владыка разрешил им носить