Миссионерская деятельность Федора в Суздале продолжалась недолго, только до открытия епископской кафедры в Ростове. С учреждением Ростовской епархии в 991–992 гг., в состав которой, в первые два столетия христианства на Руси, входили и Суздальские земли, первым епископом Ростова был назначен свт. Федор. С этого времени центром апостольской деятельности св. Федора стал Ростов, в котором он жил, как епархиальный епископ. Проповеди св. Федора среди ростовских язычников имели успех, Федор крестил много жителей. Но некоторые, упорные в язычестве, ростовцы возненавидели святителя, и после тяжких оскорблений он вынужден был покинуть город и снова поселиться в Суздале, время от времени совершая миссионерские поездки в Ростов. Время прославления свт. Федора неизвестно. Народное предание говорит, что мощи его были открыты еще до нашествия Батыя.
После кончины свт. Федора (конец X – начало XI вв.) христианство ослабело в Ростово-Суздальской земле. Главной причиной было отсутствие проповедников. После второго епископа Илариона, бежавшего от ростовских фанатиков, епархия вдовствовала около восьмидесяти лет. В Суздальской земле усилились языческие суеверия, о чем свидетельствуют события 1024 и 1071 гг.
В 1024 г. Ростово-Суздальская земля терпела сильный голод. Воспользовавшись этим, волхвы подняли среди народа такое сильное волнение, что для его усмирения потребовалось вмешательство княжеской власти. Так, в 1024 г. в Суздаль явился сам великий князь Ярослав, а Суздаль впервые был упомянут в документах.
В 1096 г., в ходе усобицы князя Олега Черниговского с детьми Владимира Мономаха Изяславом и Мстиславом, князь Олег сжег Суздаль. При Юрии Долгоруком Суздаль был главным городом Ростово-Суздальской области, и резиденцией великого князя. В конце XII столетия в Суздале появляется первый монастырь – обитель св. Димитрия Солунского, основанная Киевским митрополитом блаж. Ефремом.
В 1194 г. Всеволод III возобновил и украсил Богородице-Рождественский собор. В его княжение в конце XII в. епископ ростовский Иоанн основал в Суздале Козмодемьянский мужской монастырь, а в 1207 г. – Ризоположенский монастырь. В первой половине XIII в. в Суздале существовал еще один женский монастырь – Введенский, разоренный татарами в 1237 г.
С XIV до XIX вв. в Суздале жили и имели кафедру епископы, архиепископы и митрополиты, а епархия называлась Суздальской. При семитысячном населении, в городе насчитывалось до тридцати церквей.
В 1352 г. на Суздальскую кафедру был переведен св. епископ Иоанн (13521363). Он управлял епархией одиннадцать лет. Соборные служители уговорили перводиакона Елевферия оклеветать святителя. Народ поверил этим слухам, 6 сентября горожане ворвались в архиерейский дом и с поруганием выгнали святителя из города. Епископ Иоанн, снеся все молча и великодушно, покинул Суздаль, и за городом,