В 1589 г., когда в Москве было учреждено Патриаршество, в России было открыто четыре митрополии и шесть епископий, а Суздальская епархия сделалась архиепископией.
XVII в. принес много испытаний. Суздаль сильно пострадал при Лже-Дмитрии II, Тушинском воре, в 1608 г. город взяли литовцы и 14 октября привели его к присяге Лже-Дмитрию. Самое тяжелое испытание Суздаль пережил в 1611 г., когда в течении четырех с лишнем месяцев, с 20 июля по 6 декабря, был в осаде. В 1634 г. Суздаль был разграблен и сожжен крымскими татарами. В 1644 г. пожар уничтожил здания и церкви близ кремля. В 1645 г. город посетила моровая язва, от которой погибла половина жителей. Суздальцы, моля Бога об избавлении от постигшего бедствия, совершили крестный ход вокруг города, и остановившись на том месте, где улицы сходились крестообразно, отслужили молебен. После молебна язва прекратилась. А на том месте, где был совершен молебен, построили часовню, названную Крестом. В 1770 г. вместо часовни, суздальцы соорудили каменную Кресто-Николаевскую церковь, причисленную к Васильевскому монастырю.
В 1680-х гг. Суздаль дважды удостоился царских посещений. На поклонение местным святыням приходили цари Федор Алексеевич и Иван Алексеевич с сестрами, великими княжнами Софией, Екатериной, Марией и Феодосией.
Из архипастырей второй половины XVII в. особенно прославился Иларион. Он был хиротонисан на Суздальскую кафедру 11 декабря 1682 г., и в том же году 25 марта Патриархом Иоакимом возведен в сан митрополита. Основатель Флорищевой пустыни, он был переведен в Суздаль глубоко почитавшим его царем Федором Алексеевичем. Царь посещал Илариона в пустыни, ходя туда пешком два раза и до самой смерти пользовался наставлениями подвижниками. При нем немало деревянных храмов было перестроено в камень. Митрополит Иларион был родственником и другом царского изографа Симона Ушакова. При его архиерейском доме работали хорошие живописцы. 18 сентября 1699 г. произошло открытие мощей прп. Евфросинии в Ризоположенском монастыре.
17 июля 1719 г. в Суздале произошел сильный пожар, жертвой которого стал почти весь город. В 1723 г. по предписанию Духовного Регламента, при Суздальском архиерейском доме была открыта духовная семинария. В 1798 г. она была обращена в духовной училище. В 1882 г. на средства благотворителей, при училище была построена домовая церковь свв. Кирилла и Мефодия.
При епископе Симоне II (1739–1747) злоумышленники, воспользовавшись неизвестностью времени прославления мощей свт. Федора и Ивана, распустили среди суздальцев нелепые слухи. Суздальцы потребовали от священнослужителей собора обстоятельных и точных сведений о свт. Федоре и Иоанне. Требуемые сведения собрал ключарь Ананий Федоров – известный летописец, описатель Суздаля XVIII в. Приемник Симона епископ Порфирий (1747–1755) представил эти сведения в Св. Синод. Синод, рассмотрев дело, предписал праздновать их память по обыкновению.
В 1786 г. скончался Суздальский