Los intentos alemanes de formar unidades de voluntarios y conscriptos en Yugoslavia y en la vecina Albania resultaron moderadamente exitosos durante los cuatro años de su ocupación. Por lo menos, es lo que puede decirse por el número de hombres alistados. Sin embargo, los intentos de explotar los conflictos interétnicos para consolidar su dominio sobre Yugoslavia fueron muy contraproducentes, pues agravaron y extendieron la acción de partisanos y guerrilleros de diversas facciones, enfrentados entre sí y contra las fuerzas alemanas de ocupación.
Entre 1941 y 1945, Italia se anexionó gran parte de Kosovo, reimplantando la lengua albanesa y dando la impresión, como hemos adelantado ya, de que se trataba de un país liberador frente a la opresión serbia. Sin embargo, ya en noviembre de 1941 surgió un grupo partisano local compuesto principalmente por serbios y montenegrinos. En los años sucesivos, los éxitos de estos últimos (primero ante los italianos, y a partir de septiembre de 1943 ante los nuevos ocupantes alemanes), motivarían incluso, en diciembre de 1944, una rebelión en masa de albaneses, que no querían volver a caer bajo el gobierno yugoslavo. Tuvieron que emplearse unos 30.000 soldados del Ejército Popular Yugoslavo con el fin de sofocar el levantamiento. En la nueva Yugoslavia, los albanokosovares volvieron a ser considerados un potencial enemigo interior, y por ello en los primeros años de posguerra fueron sometidos a duras represalias.
Como ya hemos avanzado, bajo la dirección de Draža Mihajlović, los chetniks, que incluían principalmente combatientes serbios de tendencia monárquica y nacionalista, fueron los primeros en organizar la resistencia a los alemanes y sus aliados. En junio 1941, el comunista Josip Broz, Tito, creó como hemos visto un movimiento de partisanos, al que otorgó, de acuerdo con la política de Moscú, el carácter de una amplia coalición antifascista que dejaba su orientación comunista en un segundo plano. Los partisanos acogieron combatientes de cualquier nacionalidad. Chetniks y partisanos hicieron por un tiempo causa común contra el enemigo, pero rápidamente se enfrentaron entre sí. Durante el otoño y el invierno de 1941, Mihajlović mantuvo contactos con Nedić, y en una ocasión se reunió con representantes alemanes, que trataron en vano de convertirlo en una fuerza colaboracionista más. A finales de año, una ofensiva alemana, apoyada por las fuerzas de Nedić, acabó con la revuelta de chetniks y partisanos. Parte de los primeros se infiltraron entre las unidades de Nedić para evitar el ataque alemán.
En el verano de 1941, tras la proclamación de Montenegro como reino bajo control italiano, se produjo otra revuelta que permitió a nacionalistas y comunistas, aquí también brevemente unidos, tomar el control de toda la región a excepción de las principales ciudades. Pronto el extremismo de los partisanos dividió a las guerrillas y permitió a las unidades reforzadas italianas, con apoyo chetnik, eliminar a los partisanos y retomar el control. Por acuerdo entre los vencedores de la campaña, las ciudades quedaron bajo administración italiana, mientras que las zonas rurales fueron entregadas a los chetniks.
En 1942, los chetniks alcanzaron su apogeo frente a sus rivales partisanos, aunque ambos grupos estaban aún formados abrumadoramente por serbios, a menudo excesivamente xenófobos. Solo en 1943 los partisanos lograron rehacerse y superar a sus rivales, tras una larga marcha que llevó a los principales restos de sus tropas de Montenegro y el este de Bosnia al oeste de esta. En esta región, castigada por los ustaše y con un movimiento chetnik más débil, las unidades partisanas se recobraron.
Los chetniks llegaron incluso a colaborar con el ocupante en ofensivas contra los partisanos. Los ingleses, que inicialmente daban apoyo a los chetniks, les abandonan finalmente a finales de 1943, tras la conferencia de Teherán, en favor de los partisanos de Tito, que en ese momento ya contaban con 300.000 hombres, presentes en todo el territorio yugoslavo, y que ya han creado amplias y numerosas zonas liberadas. A comienzos de año, los intentos de Mihajlovic de dar una imagen más liberal a su movimiento y menos panserbia, en respuesta a la propaganda partisana de Tito y su AVNOJ (Consejo Antifascista de Liberación Nacional de Yugoslavia, en sus siglas serbias), fracasó. En septiembre de 1944, el rey Pedro II lanzó un llamamiento en favor de la unión a los partisanos de Tito. El llamamiento de alzamiento de Mihajlović en Serbia fue infructuoso, pues en lugar de lograr el control del territorio o recuperar el respaldo aliado, simplemente sirvió para debilitar su organización en la región, mientras que sus acciones pasaron en general desapercibidas entre los aliados. Enfrentándose a alemanes, a las fuerzas partisanas que pretendían regresar a Serbia desde Bosnia y más tarde a las unidades soviéticas que se negaron a tratar con él, Mihajlović hubo de retirarse a finales de 1944 a Bosnia, donde las penalidades fueron disolviendo sus últimas fuerzas. En su intento de regresar a Serbia, fue finalmente capturado por las fuerzas de Tito, juzgado y ejecutado en 1946.
El 1 de noviembre de 1944, Tito e Ivan Šubašić, dirigente del Partido Campesino Croata, alcanzaron un acuerdo para formar un gobierno de coalición, en el que el primero aportaría el doble de miembros que el segundo, y por el cual quedaba virtualmente excluido el retorno del monarca. El acuerdo fue aceptado por los británicos con resignación, y presionaron al soberano yugoslavo a rubricarlo, lo que le obligaba a formar un consejo regente que le representaría. Ante la amenaza de expulsión del Reino Unido, el rey cedería a finales de enero de 1945. Pronto, el nuevo gobierno yugoslavo mostró su disposición a no permitir la formación de un Estado democrático, utilizando la represión, el terrorismo de Estado y la intimidación contra la oposición, a pesar de las promesas de Tito.
En el aspecto militar, mientras el Ejército Rojo avanzaba hacia Hungría tras haber entrado en Sofía el 9 de septiembre de 1944, los partisanos de Tito, en colaboración con el ejército soviético, liberaron Belgrado el 20 de octubre, aunque los alemanes resistieron en algunos puntos de Bosnia, Croacia y Eslovenia hasta mayo de 1945.
La guerra dejó un saldo espeluznante. Entre la invasión de Yugoslavia en abril de 1941, y su completa liberación en mayo de 1945, además de los enfrentamientos estrictamente militares, el país quedó marcado por una serie de matanzas de una considerable magnitud que dejaron una huella de odio muy duradera. En primer lugar, destacamos las masacres de serbios cometidas por los ustaše, en el momento inmediatamente posterior a su toma del poder, en mayo de 1941. En su zona de ocupación, el ejército italiano se opuso frecuentemente a esas atrocidades. Las víctimas de los campos de la muerte, como el mencionado de Jasenovac, afectaron a los judíos yugoslavos, serbios y gitanos, de forma que, ya en el periodo final de la guerra, muchos croatas acabaron oponiéndose a los ustaše. A su vez, los chetniks serbios asesinaron también a musulmanes y especialmente a croatas, principalmente en Bosnia-Herzegovina y en el Sanjacato. Los partisanos ejecutaron igualmente a muchos de sus adversarios políticos. Tras la liberación, los británicos entregan a Tito los restos del ejército y de los funcionarios de Pavelić (que logró huir con algunos seguidores a Argentina y acabaría falleciendo en Madrid, donde se encuentra enterrado, en 1959) que se les habían rendido, junto con sus familias, en el pueblo fronterizo austríaco de Bleiburg. En total, algunas decenas de miles de personas, casi todas exterminadas en las posteriores marchas de la muerte, por las que se recorrieron centenares de kilómetros hasta su agotamiento. Y lo mismo sucedió con unos 10.000 eslovenos de la guardia blanca, soldados bajo mando alemán que combatieron a los partisanos y que en mayo de 1945 fueron devueltos desde Austria por los británicos para ser ejecutados.
El balance de todas estas masacres es difícil de establecer, y ha dado lugar a diversas polémicas entre historiadores. Las cifras aceptadas en el siglo xxi por los estudiosos, ya avanzadas, hablan de alrededor de un millón de muertos en todo el país, de ellos cerca de 500.000 serbios, 200.000 croatas, 100.000 musulmanes bosnios, 60.000 judíos, entre 20.000 y 50.000 montenegrinos, 35.000 eslovenos, casi 30.000 gitanos,15.000 albaneses, 6.000 macedonios y casi 3.000 húngaros. Buena parte de estas víctimas murieron en territorio del Estado Independiente de Croacia. En ese territorio se habla de 30.000 víctimas judías, entre 16.000 y 27.000 gitanos y 350.000 serbios (aunque no todos estos asesinados por los ustaše). Las víctimas judías y gitanas