Partición de Yugoslavia en la Segunda Guerra Mundial.
En Croacia, los alemanes ofrecieron en primer lugar el poder a Maček, el jefe del mayoritario Partido Campesino Croata. Este último, miembro del gobierno camino del exilio, declinó la propuesta, aunque regresó a Croacia y reconoció al nuevo Estado independiente, que quedó en manos de Ante Pavelić y sus ustaše, aunque oficialmente se constituyera como una monarquía. El monarca elegido fue Aimon de Saboya-Aosta (nieto del rey de España Amadeo de Saboya), que adoptó el muy emblemático nombre de Tomislav II aunque, por motivos de seguridad, nunca pusiera un pie en sus posesiones. La jerarquía católica, con el arzobispo de Zagreb monseñor Aloysius Stepinac a la cabeza, aceptó de buen grado la independencia de Croacia bajo la égida nazi. Estos reconocimientos se explican por el hecho de que Yugoslavia representaba para gran parte de los croatas un Estado opresor, y que la autodeterminación de Croacia respondía a sus deseos.
Contrariamente a Croacia, en Serbia el desmantelamiento del país y la ocupación alemana se sintió como una pesada derrota, aunque los alemanes lograron encontrar a los colaboradores necesarios para la formación de un gobierno, primero con políticos poco conocidos y, más tarde, desde agosto de 1941, con el general Milan Nedić a la cabeza, un gabinete que incluía a otros dos generales del ejército real yugoslavo. Sin embargo, a pesar de su desmembramiento efectivo, el país sobrevivió tanto como idea como a través del gobierno en el exilio, que inmediatamente indicó su intención de continuar combatiendo al Eje.
Para el alto mando alemán, los Balcanes constituían una región de importancia secundaria, aunque no la perdieron de vista. La necesidad de desviar tropas de otros frentes más importantes a los Balcanes, y la posibilidad de que las distintas guerrillas que se crearon facilitasen un desembarco aliado, hicieron que tanto Hitler como Mussolini se planteasen la eliminación de estas. La región suministraba además importantes alimentos y, especialmente, metales necesarios para la producción alemana de armamento: Yugoslavia producía bauxita, cobre y antimonio, y era paso obligado del cromo turco. La región también era uno de los principales canales de abastecimiento de Rommel en África. Cubría asimismo el flanco derecho de los ejércitos destinados en la URSS de posibles ataques desde el Mediterráneo.
Los diversos territorios yugoslavos tuvieron suertes distintas durante la guerra. La porción de los territorios eslovenos anexionada al Reich, más industrial, se unió a las provincias austriacas y sufrió una brutal política de germanización que incluyó la deportación de parte de su población al NDH, a la Serbia de Nedić o a la Europa ocupada como mano de obra. Numerosos colonos alemanes se asentaron en la región. La zona anexionada a Italia tuvo un tratamiento menos duro y recibió cierta autonomía, aunque el surgimiento de un movimiento de resistencia llevó a un endurecimiento de la misma y a la represión, dando lugar a miles de muertos.
En Dalmacia, los italianos designaron un gobernador y tres prefectos, mientras que más al sur, en Montenegro, se nombró al comienzo un legado, que debía ser sustituido por un monarca que nunca llegó. Al final, el gobernador militar general Pirzio Biroli, una vez que estalló la revuelta contra el ocupante en julio de 1941, se encargó de la represión.
En Kosovo, la población musulmana vio en general con buenos ojos la ocupación italiana (asimismo impuesta en la propia Albania, lo que permitía soñar en una unión de ambos territorios), que le permitió ajustar cuentas con la población serbia, en parte colonos instalados durante el periodo de entreguerras.
La Administración búlgara trató a la población macedonia fundamentalmente como compatriotas búlgaros y trató de ganarse su favor. Hungría, por el contrario, aplicó una brutal política de magiarización en los territorios recuperados.
En Serbia, Nedić no estaba particularmente próximo a las ideas fascistas. Sin duda deseaba proteger a su pueblo del aniquilamiento físico, adoptando la misma postura que el mariscal Pétain en Francia. Sin embargo, se dirigió a sus compatriotas por radio para preconizar «el orden, el trabajo, la paz y la fraternidad». La primera labor del gobierno consistió en ocuparse de los centenares de miles de serbios refugiados de Croacia y de otras regiones en que no se sentían seguros. Nedić debió igualmente tomar postura frente al movimiento de resistencia de los chetniks (Četnici), de orientación monárquica y nacionalista serbia (defendían una monarquía serbia cuyo territorio, étnicamente puro, incluiría Serbia, Montenegro, Macedonia, Bosnia y Herzegovina y amplias zonas de Croacia), desarrollada desde el inicio de la invasión, y frente a la lucha de los partisanos de inspiración comunista, surgidos tras la entrada en guerra de Alemania contra la URSS, la Operación Barbarroja, el 22 de junio de 1941. Para evitar que los alemanes enviasen a sus aliados ustaše y búlgaros a reprimir la resistencia serbia, Nedić aceptó la creación de una policía y una guardia estatal serbia que lanzó a la lucha contra los partisanos. En relación con los chetniks, su posición era mucho más ambigua: existieron contactos múltiples entre el entorno de Nedić y el entorno militar anticomunista de los chetniks. Esta colusión, más que para atraer a las fuerzas gubernamentales hacia algún tipo de resistencia al ocupante, sirvió por el contrario para atraer al general Draža Mihajlović, el jefe de los chetniks, hacia el colaboracionismo.
Antes de la guerra, desde el asesinato del rey Alejandro I existía en Serbia un movimiento ultranacionalista, antisemita y de orientación fascista dirigido por Dimitrije Ljotić y bastante comparable a los ustaše de Croacia. Ljotić rechazó entrar en el gobierno de Nedić, pero organizó a disposición de los alemanes una especie de milicia, el cuerpo de voluntarios serbios, rival de la guardia estatal serbia de Nedić, aunque a la postre ambas fueron utilizadas directamente por los alemanes como fuerzas supletorias en la lucha contra los partisanos.
El nuevo Estado croata fue dividido en zonas de ocupación alemana e italiana. El régimen dictatorial de Ante Pavelić (titulado Poglavnik, palabra croata que viene a significar jefe del clan) comenzó por abolir el Parlamento croata y proscribir toda oposición a su política. Desde la toma del poder por los ustaše, algunas unidades especiales sembraron el terror en las ciudades y pueblos de mayoría serbia asesinando a su población. La doctrina de los ustaše establecía que los únicos auténticos croatas eran los católicos y, en menor medida, los musulmanes. Los serbios, de religión ortodoxa, quedaban excluidos. Además, a imitación de la Alemania nazi, la nueva Croacia promulgó leyes raciales contra judíos y gitanos. Muchas iglesias ortodoxas de la región serbia incorporada de Sirmia fueron destruidas. En agosto de 1941 se establecía el campo de concentración de Jasenovac, donde fueron asesinados decenas de miles de serbios, judíos y gitanos.
Ante Pavelić visita a Hitler en Alemania el 9 de junio de 1941.
Tras las primeras matanzas de serbios, los chetniks intervinieron en su defensa. Los italianos pronto llegaron a acuerdos con fuerzas chetniks, que quedaron bajo su protección y utilizaron los territorios bajo su control para atacar a croatas y musulmanes. Los mandos italianos los utilizaron contra los partisanos y como contrapeso a los ustaše. Las fuerzas armadas croatas se mostraron incapaces de proteger a la población de los ataques de los insurrectos, y Pavelić no detuvo las persecuciones de la población ortodoxa que alimentaban la revuelta. Los continuos desmanes de Pavelić provocaron un empeoramiento de sus relaciones con los mandos militares alemanes de la región.
Un movimiento de resistencia de obediencia comunista, los partisanos antifascistas, emergió durante el verano de 1941, dirigido por el croata Josip Broz, conocido como Tito, un comunista ya organizador de las Brigadas Internacionales