El 26 de agosto de 1939, Maček se convirtió en vice primer ministro del gobierno, y cuatro de sus correligionarios recibieron carteras ministeriales. El acuerdo no logró, sin embargo, su objetivo de acabar con el problema nacionalista en el país: bosnios, serbios y eslovenos deseaban obtener la misma autonomía ahora concedida a los croatas, los serbios de Croacia se sentían desamparados ante la nueva autonomía, y los nacionalistas croatas extremistas, cada vez más numerosos, pensaban que las concesiones obtenidas eran insuficientes. En sus negociaciones con el gobierno, Maček había destruido además la unidad de la oposición, pues sus aliados serbios se habían opuesto a aquellas, y acusaron al dirigente croata de traicionar la causa democrática.
Durante toda la monarquía yugoslava, albaneses y macedonios vieron negada su identidad nacional y cultural, e incluso fueron considerados pueblos subdesarrollos a los que había que asimilar o, en su defecto, expulsar. Quienes más padecieron ese rechazo fueron los albaneses de Kosovo, en su mayoría musulmanes (aparte de una minoría católica). El ejército serbio, al regresar en 1918, actuó de forma brutal, imponiendo un régimen de terror y provocando ese mismo año la creación de un Comité Nacional de Defensa de Kosovo, conocido como Comité de Kosovo. Esta organización luchó por la separación del territorio habitado por albaneses (es decir, Kosovo-Metohija, Macedonia occidental y partes del Sanjacato de Novi Pazar, es decir, el Sandžak) del recién formado Reino de los Serbios, Croatas y Eslovenos, y su anexión a Albania. El comité llegó a recibir una ayuda sustancial, en efectivo y en armas, de los italianos, intentando la cooperación con los opositores montenegrinos y macedonios. Los ataques contra los funcionarios yugoslavos en la región fueron constantes, y a finales de septiembre de 1924, el ejército monárquico se vio obligado a emplear incluso artillería para sofocar la revuelta. Las ejecuciones fueron muy numerosas. Durante los años 30 se llevó a cabo además un programa de serbianización, instalando colonos campesinos en algunas zonas, empleando en las escuelas solo el idioma serbocroata y confiscando tierras a los albano-kosovares. El historiador y político serbobosnio Vaso Čubrilović, que de joven había colaborado en el asesinato del archiduque Francisco Fernando, llegó a proponer en 1937 la expulsión en masa de los albaneses de Kosovo.
La Segunda Guerra Mundial
En marzo de 1939, la desaparición de Checoslovaquia, conquistada por el III Reich alemán, le costó a Yugoslavia el perder la principal fuente de armamento y el traspaso de las inversiones checoslovacas a Alemania. Mussolini estableció contacto además con miembros del Partido Campesino Croata, buscando desestabilizar al gobierno yugoslavo. Las relaciones italo-yugoslavas volvieron a empeorar, sobre todo tras la ocupación de Albania por Italia en abril. En un principio, sin embargo, Alemania e Italia decidieron no apoyar los intentos de desmembramiento del país, siempre que este mantuviese su relativa proximidad al Eje. Los yugoslavos se apresuraron a asegurar su futura neutralidad y a no ingresar en ninguna coalición contra italianos y alemanes. A pesar de los intentos de intimidación germanos, el regente se negó a abandonar la Sociedad de Naciones.
La situación de Yugoslavia en Europa fue deteriorándose poco a poco. Tras el estallido de la Segunda Guerra Mundial, Yugoslavia declaró de nuevo e inmediatamente su neutralidad. Los beligerantes aprobaron la postura yugoslava: Alemania deseaba mantener el suministro de materias primas yugoslavas, y los aliados no estaban en situación de exigir más del gobierno de Belgrado. Italia, sin embargo, se mostró más belicosa. En enero de 1940 Mussolini aceptó volver a reunirse con Pavelić, que aspiraba a la independencia de Croacia. En junio de 1940, capitulaba el principal aliado, Francia. En el verano, Hitler prohibía el ataque italiano a Yugoslavia, para el que Mussolini había ordenado ya preparar un plan de campaña. En el otoño, los vecinos fueron cayendo bajo dominio alemán, firmando uno tras otro el Pacto Tripartito (Rumanía el 23 de noviembre de 1940, Hungría el 20 de noviembre de 1940 y Bulgaria el 1 de marzo de 1941). El ataque italiano a Grecia de octubre de 1940, que acabó con la derrota temporal italiana y la necesidad de auxilio alemán a su aliado, complicó aún más la situación de la neutral Yugoslavia. Hitler deseaba asegurarse la cooperación o clara neutralidad yugoslava para su proyectado ataque a Grecia.
A pesar de la tradicional actitud hostil de la familia real yugoslava al régimen soviético, el deterioro de la situación internacional y la necesidad de un contrapeso al creciente dominio alemán aconsejaron revisar la situación. En marzo de 1940 comenzaron las conversaciones con la Unión Soviética, que llevaron a la firma de un tratado comercial el 13 de mayo de 1940 y al establecimiento de relaciones diplomáticas en junio. Un posterior ofrecimiento soviético de armamento en noviembre no llegó a fructificar.
Rodeada y dependiente económicamente del III Reich, Yugoslavia se vio presionada dada vez más por Hitler para suscribir el Pacto del Eje (firmado en septiembre de 1940 por alemanes, italianos y japoneses), alternativamente mediante amenazas veladas y ofrecimientos diversos. Con su suministrador habitual de armamento (la fábrica checoslovaca Škoda) en manos alemanas, sin alternativa para abastecerse de armas, con una industria propia insuficiente para hacerlo y unas comunicaciones deficientes, el ejército yugoslavo se encontró en una situación desesperada ante las amenazas alemanas. Su despliegue era además inadecuado, extendiéndose por las fronteras de acuerdo a motivos políticos y no estratégicos.
Ante esta situación, el 25 de marzo de 1941 el gobierno del regente firmó el Pacto en Viena, con las salvedades logradas de los alemanes, que incluían el compromiso de no estacionar tropas y ni de utilizar el territorio yugoslavo para la campaña contra Grecia.
Sin embargo, el descontento serbio ante lo que se consideró una capitulación se tradujo en el golpe de Estado del 27 de marzo, encabezado principalmente por algunos oficiales de las fuerzas aéreas. El general Dušan Simović, jefe de la aviación yugoslava, formó un nuevo gobierno. Mientras la multitud celebraba el golpe en las calles de Belgrado, en Liubliana y Zagreb esta acción se veía sin entusiasmo como la decisión unilateral serbia de entrar en guerra. El regente se exilió (fallecería en París en 1976), proclamándose la mayoría de edad del rey Pedro II.
A pesar de la impresión en la calle y en el extranjero, Simović trató desesperadamente de calmar a los alemanes, declarando su intención de mantener los compromisos del país, incluido el pacto recién rubricado, y nombrando un ministro de Asuntos Exteriores teóricamente pro-alemán.
Hitler, enfurecido y dispuesto a destruir Yugoslavia, rechazó no obstante los intentos de conciliación del nuevo gobierno, ordenando a las pocas horas del golpe la invasión del país, que comenzó el 6 de abril de 1941 con un brutal bombardeo de Belgrado. El día anterior, el gobierno yugoslavo, tratando de reforzar su posición, suscribió un acuerdo de amistad y no agresión con la Unión Soviética, que finalmente no le reportó ayuda ninguna.
El país se vio invadido por todas sus fronteras, salvo la que compartía con Grecia. El ejército real yugoslavo únicamente resistió once días. El 17 de abril se firmó la capitulación, e inmediatamente el rey Pedro II y su gobierno se exiliaron en Londres, mientras que Yugoslavia era inmediatamente desmantelada según los deseos de Hitler manifestados en sus órdenes de ataque del 27 de marzo.
Así, Italia ocupó el sur de Eslovenia con Liubliana, parte de Dalmacia, Montenegro —teóricamente independiente como reino, aunque sin rey— y, por el sur, junto a la Albania que habían anexionado