Andererseits drohten neue Gefahren. Der Immerwährende Regensburger Reichstag empfahl 1793 ein Verbot der geheimen Studentenorden. Mehrere deutsche Fürsten erließen derartige Verbote und dehnten sie auf die Freimaurerlogen aus, so etwa der Kaiser und die Kurfürsten von Bayern und Hannover (für Göttingen). Der preußische König Friedrich Wilhelm II. forderte ein schärferes Vorgehen gegen die aufgeklärten Publizisten und neologischen Theologen. Besonders Schlesien bereitete Sorgen, das in eine Wirtschaftskrise geriet und von wo soziale Unruhen auf Brandenburg überzugreifen drohten. König und Minister diskutierten ein Verbot der Logen, zu dem es indes nicht kam. Stattdessen erließ der König auf der Grundlage des Allgemeinen Landrechts für die Preußischen Staaten (1794) am 20. Oktober 1798 das Edikt wegen Verhütung und Bestrafung geheimer Verbindungen, welche der allgemeinen Sicherheit nachteilig werden könnten ― an beiden Gesetzeswerken hatten Freimaurer mitgewirkt. Das Edikt regelte das Verhältnis zwischen Staat und Freimaurerei. Es definierte die Berliner Mutterlogen und die von ihr konstituierten Filialen, die später so genannten Altpreußischen Logen, nicht als geheime, sondern als legale Gesellschaften, stellte sie aber unter Polizeiaufsicht. Die Logen anderer Systeme, auch die selbstständige Königsberger Mutterloge Zu den drei Kronen und ihre ostpreußischen Töchter, mußten schließen oder sich von einer der legitimierten Mutterlogen neu konstituieren lassen. Das Monopol der Berliner Großlogen galt in Preußen bis 1893. Die Kernbestimmung des Edikts über die Geheimbünde stand als § 128 bis 1968 im Strafgesetzbuch der Bundesrepublik Deutschland.
Die preußischen Logen waren wie nahezu alle damaligen Sozietäten Männergesellschaften ― mit einer Ausnahme, der androgynen, Männer und Frauen vereinenden Loge Tempel der Freundschaft in Stendal.
Die preußischen Freimaurer waren Gestalten und Gestalter ihrer Zeit, tätige Menschen, viele von Rang und Namen in Staat, Wirtschaft, Kultur und Wissenschaft. Ihre Namen leben noch heute in unserem Gedächtnis.
Die Freimaurer fanden in Brandenburg-Preußen günstige Entwicklungsbedingungen vor: erstens den aufgeklärt französisch gebildeten Monarchen, einen Freimaurer, und sein europäisches Ansehen in einem Jahrhundert der Aufklärung, zweitens das reformierte, die Religionen tolerierende Herrscherhaus, dessen Bevölkerung eine starke Immigration konfessionell weiter auffächerte, drittens den wirtschaftlichen, sozialen, militärischen, wissenschaftlichen und kulturellen Aufstieg Preußens zu einer europäischen Großmacht in einem Jahrhundert des tiefen Umbruchs von der spätfeudalen Ständegesellschaft zu einer bürgerlich kapitalistischen Klassengesellschaft.
Die legalen Logen führten die Akteure dieses Aufstiegs in wachsender Zahl, landesweit und dauerhaft zusammen ― den (regierenden) Hochadel mit Führungs- und repräsentativen Funktionen, den niederen Adel und das sich herausbildende neue Bürgertum im zivilen Staatsdienst, in Wirtschaft, Kirche, Bildung und Kultur. In den Logen organisierten sich in wachsender Zahl die studierten adligen und bürgerlichen zivilen Verwaltungs- und Justizbeamten, die adligen Infanterie- und Kavallerieoffiziere und die bürgerlichen Auditeure, Feldprediger, Feldschere, Artilleristen und Militäringenieure, die Manufaktur- und Finanzunternehmer einschließlich zahlreicher Buchdrucker, Buchhändler und Verleger, die Theologen, Universitäts- und Gymnasialprofessoren, Ärzte, Chirurgen und Apotheker, Schriftsteller, Schauspieler und Musiker, bildenden und angewandten Künstler, Studenten.
Adel und Bürgertum hielten sich in den altpreußischen Logen in etwa die Waage.
Gab ein Adliger den Dienst auf und zog sich auf sein ererbtes, gekauftes oder angeheiratetes Gut mit hörigen Bauern zurück, endete auch seine aktive Zeit als Freimaurer. Die bürgerlichen Freimaurer der Ober- und der Mittelschicht waren in der Regel in der zweiten oder dritten Generation Söhne beruflich gesicherter und gesellschaftlich geachteter Männer. Wenn die Familie verarmte, etwa der Vater früh starb, konnte der begabte Sohn mit der solidarischen Unterstützung von Paten und Förderern rechnen. Mindestens 64 in dem Lexikon aufgeführte bürgerliche Freimaurer wurden nobilitiert.
Die sozialen Grenzen der Loge des 18. Jahrhunderts waren nach oben offen, nach unten zum Volk hin indes nahezu geschlossen; kleine Gewerbetreibende, Domestiken, Soldaten konnten lediglich maurerisch minder berechtigte dienende Brüder werden. Nur wenigen Kleinbürgern gelang der Aufstieg in das logenfähige Bürgertum.
Brandenburg-Preußen wurde mit dem Edikt von Potsdam (1685) ein Einwanderungsland. Die Zahl der Immigranten in den Logen war erheblich, am höchsten in Berlin. Sie nutzten die Loge, um in der neuen Heimat schneller gesellschaftlich Fuß zu fassen oder fördernde Bekanntschaften zu machen. Die Logen mit ihrer sozial und konfessionell breiten Mitgliedschaft boten die beste Gelegenheit. Die jungen, beruflich gut ausgebildeten, unternehmenden und geistig regen Immigranten kamen aus dem Reich, viele aus Sachsen und Thüringen, aus dem Habsburgerreich, aus Böhmen und Österreich, sowie dem Ausland jenseits der Reichsgrenzen, so aus Frankreich, der Schweiz und Italien. Die preußischen Logen waren Stätten der Integration und Assimilierung.
Die Freimaurer bekannten sich zu einer der christlichen Hauptkonfessionen. Die Konfessionen der Stadt und der Region, der überregionalen Verwaltungen, Garnisonen und Universitäten waren auch die der Loge. Die Logen waren überkonfessionelle Gesellschaften der christlichen Hauptreligionen. Juden blieben, außer in der frühen Johannisloge Royale York de l’Amitié und der Christen und Juden vereinenden Loge zur Toleranz in Berlin, aus religiösen, weniger aus ethnischen Gründen, wie die Aufnahmen christlich Konvertierter zeigen, ausgeschlossen. Christliche Sekten wie die Mennoniten fanden im wirtschaftlich entwickelten Westfalen eher den Zugang in die Logen als im Osten der Monarchie, Böhmische Brüder, weil Handwerker, fehlten ganz.
Die auf die ethisch-moralische Bildung des Einzelnen orientierten Freimaurer übten in den Logen eine ständische und religiöse Gleichheit mit republikanischer, demokratischer Organisation, die jedoch der freimaurerische Tempelritterorden der strikten Observanz untergrub. Die preußischen Logen stellten die absolutistische Monarchie nicht in Frage, ihre Mitglieder waren loyale Untertanen. Der Eid auf den König stand selbstredend über dem auf die Freimaurerei. Dennoch unterhöhlten die auf soziale und konfessionelle Gleichheit und Brüderlichkeit setzenden unpolitischen Logen die spätfeudale Gesellschaft allein schon durch ihre Existenz. Auch die Freimaurer schufen die sozialen und politischen Voraussetzungen für die konstitutionelle Monarchie und den Kapitalismus.
Die Freimaurerei übte auf aufgeklärte Männer wie den französisch gebildeten Kronprinzen Friedrich eine große Anziehungskraft aus. Dennoch waren die preußischen Logen keine Aufklärungsgesellschaften an sich wie etwa die Wiener Loge Zur wahren Eintracht, sie waren aber Kinder des Aufklärungszeitalters und von dessen Ideen inspiriert, wenn auch von Gegenströmungen gefährdet; in ihnen wucherten gegen die rationale Aufklärung gerichtete Systeme. Kern der preußischen Freimaurerei war nicht die Philosophie der Aufklärung, sondern eine bürgerlich-aufgeklärte Ethik. Die Logen richteten ihre Bestrebungen nach innen, auf die moralische Bildung der Mitglieder, wirkten dennoch auch nach außen in die bürgerliche Gesellschaft nach Neigung und Vermögen, die einen Systeme mehr, andere weniger. Allen Logen gemeinsam war das soziale Engagement. Sie unterstützten regelmäßig bedürftige Brüder und profane Arme, einige gründeten Arbeits- und Regimentsschulen für Jungen und Mädchen, andere unterhielten Orchester mit Laien und professionellen Musikern, mit Freimaurern und Profanen, die in den Logen und in der Öffentlichkeit Konzerte gaben, meist zu sozialen Zwecken, oder veranstalteten Bälle, zu denen Frauen und Mädchen eingeladen waren. Mehrere Logen errichteten in ihren Häusern Gesellschaften für Freimaurer und Profane, für Frauen und Männer, die bedeutendste wohl die Berggesellschaft in Halle an der Saale. Die Logen sollten, so König Friedrich II. 1774, keinem anderen Zweck dienen als „die Menschen mehr gesellschaftlich, mehr wohltätig und mehr tugendhaft zu bilden und so viel Gutes als möglich zu bewirken, als worin ihre Pflichten und Vergnügen vorzüglich beständen“.