Из Каира Ковильяну пришлось вместо Лиссабона держать путь в Эфиопию (Абиссинию), где, по слухам, находилось царство пресвитера. Там действительно с древнейших времен жители исповедовали христианскую религию, мало похожую на европейскую. По образу жизни и нравам аборигены были истинными африканцами. Абиссинский негус (правитель) не знал о существовании «братьев» на соседнем материке и очень удивился приходу португальца. Ковильян передал монарху письма Жуана с текстом договора о сотрудничестве. Царек с удовольствием выслушал содержание посланий и без лишних переговоров подписал соглашение. Ковильян праздновал победу, рассчитывал на двойную награду в Португалии, однако негус оказался чересчур осторожным, не позволил гостю покинуть Абиссинию. Туземец боялся, что Ковильян покажет врагам дорогу в страну. Разведчик очутился в плену у царька, не имея возможности сообщить о том на родину.
В 1494 году умер «драгоценный» союзник Португалии, на престол Абиссинии взошел новый негус. Ковильян воспрянул духом, запросился домой. Монарх выслушал заморского гостя, приблизил ко двору, назначил правителем области. Ковильян получил вместо свободы неограниченные полномочия в чужой стране вдали от семьи. Потеряв надежду вернуться на родину, разведчик завел вторую семью, окончательно обосновался в Африке. Только в 1520 году, когда из Лиссабона к негусу прибыло посольство, Ковильян встретил соотечественников, поведал монаху Франсишку Алваришу о своих скитаниях по Индии и Африке. Ковильян передал португальцам поистине бесценные сведения, к сожалению, уже сильно устаревшие, оказал посольству помощь в качестве советника, переводчика, проводника по незнакомым землям. Ковильян умер глубоким стариком в Абиссинии, так и не увидев родины.
Две безуспешные экспедиции на запад Атлантики, плавание Бартоломеу Диаша на юг, путешествие Перу ди Ковильяна на восток определили характер взаимоотношений Жуана II с Колумбом. Король сделал выбор и не сворачивал с пути до смерти. Он будет целенаправленно готовить завоевание азиатского побережья, копить силы для вторжения в Индийский океан. Сделать это наскоком было нельзя.
Вторая причина, по которой Жуан не спешил продолжить открытия, заключалась в успешной колонизации