В Государственном архиве Гродненской области к избранной теме относятся некоторые документы фонда уполномоченного Совета по делам Русской Православной Церкви по этой области (Ф. 478. Оп. 1. Д. 10, 12, 32, 52; Оп. 2. Д. 1), а в Государственном архиве Витебской области – материалы местного уполномоченного Совета по делам Русской Православной Церкви и немецких оккупационных органов власти (Ф. 2290. Оп. 1. Д. 22–27, 140; Ф. 1431. Оп. 1. Д. 1).
В относящемся ко второй группе архивов Центральном архиве Министерства обороны Российской Федерации к избранной теме относится небольшое количество документов, в частности, о передаче советской армии танковой колонны «Дмитрий Донской» и другой боевой техники, построенной на церковные пожертвования (Ф. 32. Оп. 11302. Д. 275; Ф. 364. Оп. 116513. Д. 15; Ф. 516. Оп. 187899. Д. 10).
В Центральном архиве Федеральной службы безопасности Российской Федерации (ЦАФСБ) и архивах региональных управлений ФСБ хранятся сотни следственных дел, содержащих материалы о репрессиях представителей духовенства и мирян различных конфессий в годы Великой Отечественной войны. Так, в Архиве Управления ФСБ по Санкт-Петербургу и Ленинградской области (АУФСБ СПб ЛО), содержатся сведения о репрессиях священнослужителей в годы блокады и на бывших оккупированных территориях после их освобождения. Наибольший интерес здесь представляют дела протоиерея А. Кибардина, иеромонаха Тихона (Зорина), священников В. Апраксина, И. Молчанова, М. Рождественского, архимандрита Клавдия (Савинского) и др. (Ф. архивно-следственных дел). Очень информативными по избранной теме являются архивно-следственные дела руководителей Псковской православной духовной миссии: протопресвитера К. Зайца, протоиерея Н. Жунды и др., а также группы насельников Псково-Печерского монастыря, в т. ч. настоятеля обители игумена Павла (Горшкова) – в Архиве Управления ФСБ по Псковской области. Следственные дела членов Псковской миссии (священников П. Кононова, Н. Соловьева и др.) хранятся и в Архиве Управления ФСБ по Новгородской области.
В Государственном архиве общественно-политической истории Воронежской области находятся следственные дела и другие материалы, позволяющие изучить историю оппозиционного советской власти катакомбного церковного движения в его главном очаге – Центральном Черноземье России – в 1940–1950-е гг. (Ф. 9323). В Центре документации новейшей истории Костромской области могут быть использованы следственные дела