В Центральном государственном архиве Санкт-Петербурга (ЦГА СПб) большая часть материалов по теме хранится в 15 фондах. Следует отметить, что епархиальные власти лишь в 1990-е гг. получили возможность создавать собственный полноценный архив, документов до 1943 г. в нем почти нет, и поэтому источники, содержащиеся в ЦГА СПб, являются уникальными. Значительная доля их ранее была засекречена и закрыта для исследователей, другая находилась в свободном доступе, но практически не вовлекалась в научный оборот.
В архиве содержатся в основном материалы государственных учреждений, регулирующих деятельность религиозных организаций, в Ленинградской области. Наиболее крупный комплекс документов хранится в фонде Ленгорисполкома (Ф. 7384), в описи дел городской комиссии по делам культов. Это, прежде всего, дела по наблюдению за деятельностью храмов северной столицы с 1917 по 1943 гг.: исторические справки, инвентарные описи, анкеты и списки членов приходских советов, священнослужителей, протоколы приходских собраний, переписка, планы, фотографии церковных зданий и т. д. Значительную ценность представляют данные об открытии и закрытии храмов, проведении религиозных празднеств, регистрации различных религиозных обществ. Имеются в материалах комиссии и дела по разрушению церквей, арестам и высылке священнослужителей в 1930-е – 1940-е гг. Аналогичные сведения по другим городам Ленинградской области содержатся в документах Леноблисполкома, до 1944 г. имевшего в своем составе органы, регулировавшие деятельность религиозных объединений (Ф. 7179).
История Ленинградской епархии в первые годы Великой Отечественной войны отражается не только в материалах Ленгорисполкома, Леноблисполкома, но и некоторых райисполкомов. Например, в фонде Дзержинского райисполкома (Ф. 4769) имеется отчет общины Спасо-Преображенского собора о всех сторонах ее деятельности за 1941–1944 гг. Сведения о религиозной жизни на подвергшейся оккупации части Северо-Запада