Наконец, к четвертой группе можно отнести церковные архивохранилища, содержащие фонды религиозных организаций и учреждений (ряд подобных фондов имеется и в государственных архивах Российской Федерации). История Московского Патриархата в 1941–1945 гг. отложилась в Архиве Отдела внешних церковных связей Московской Патриархии, Архиве Церковно-научного центра «Православная энциклопедия» в Москве и многочисленных епархиальных архивах, прежде всего в Архиве Санкт-Петербургской епархии. Много материалов по истории русской церковной эмиграции в годы Второй мировой войны содержится в Синодальном архиве Русской Православной Церкви Заграницей (РПЦЗ) в Нью-Йорке, Архиве Свято-Троицкой духовной семинарии РПЦЗ в Джорданвилле (США), Архиве Германской епархии РПЦЗ в Мюнхене, Архиве Средне-Европейского Экзархата Московского Патриархата в Берлине, Архиве Автокефальной Американской Православной Церкви в г. Сайоссете (штат Нью-Йорк) и Архиве русского прихода святителя Николая Чудотворца в Риме.
В Государственном архиве Российской Федерации (ГАРФ) выделяется фонд Совета по делам Русской Православной Церкви (Ф. Р-6991), представляющий основную ценность. Ведь этот орган контролировал и во многом управлял всей деятельностью Московской Патриархии в 1943–1965 гг. Анализ его документов позволяет детально проследить начало этапа «примирения» в отношениях между государством и Церковью осенью 1943 г. и развитие этих отношений в 1944–1945 гг. (Оп. 1. Д. 1–81; Оп. 2. Д. 1–43, 53, 59а). В фонде содержатся: протоколы заседаний Совета и Священного Синода, переписка с Патриархом, записи бесед церковных иерархов с работниками Совета, докладные записки в ЦК ВКП(б) – КПСС, инструкции, аналитические обзоры, документы о международной деятельности Московской Патриархии. По ним можно наглядно проследить трансформацию работы Совета – от первоначального стремления, помимо установления контроля, способствовать нормализации государственно-церковных отношений до попыток осуществить разгром церковной организации (уже в послевоенный период).
Подобный материал в отношении других конфессий на территории СССР содержит фонд Совета по делам религиозных культов. Следует отметить и ряд других фондов. Так, в особой папке И.В. Сталина (Ф. Р-9401) имеются документы 1944 г. о насильственном переселении 1673 истинно-православных христиан из центральных областей России в Сибирь и на Алтай. Они свидетельствуют о том значении, которое высшее руководство страны