При ознакомлении с делами подследственных, если зарождалось сомнение, Дзержинский требовал представить ему все материалы и провести допрос повторно. Так, 2 февраля 1923 г. по справке Петроградского ОКТО ГПУ по делу о преступлениях по должности ряда сотрудников материальной службы Николаевской железной дороги он писал Г.И. Благонравову: «Раньше, чем дело передавать на суд, прошу затребовать его сюда для доклада мне. Муста не обязательно допросить в качестве свидетеля по всем договорам и лицам, фигурирующим в этой справке. Допрос должен быть произведен следователем и ведущим все дело в Вашем присутствии и по вопросам, сформулированным письменно и представленным мне предварительно. Показания Водовозова для меня до очевидности лживы. Это обыкнов[енный] способ всех взяточников – такой клеветой бронироваться. Данные о договорах и о взаимоотношении Муста с Меттом более серьезные. Но для оценки их необходимо выслушать Муста. Вообще дело ведется ненормально. Уже давно Муста должен был быть допрошен в качестве самого важного свидетеля. Сейчас в Питере его допрашивать нельзя, ибо по этой справке очевидно, что следователь пристрастен и что он уже обвинил Муста, даже не допросив его. Дело очень серьезно, ибо Муста, как парт[ийный] тов[арищ], занимал слишком ответственный пост и такие недоказанные и необоснованные обвинения величайший урон для партии. Если Муста взяточник, то он должен быть первым расстрелян, но я уверен, что это ложь»42.
Дзержинского беспокоили интриги партаппаратчиков, мешавшие работать следователям. После того, как по требованию сотрудника ЦК А.А. Андреева из ТО ГПУ 18 мая 1923 г было изъято дело Абалова без его ведома, он писал Янсону: «Совершенно очевидно, что т. Андреев стал осью склоки против нас вследствие ошибки, что повел дело против следователей и наших работников, не ожидая окончания следствия против Абалова и других и что изъял это дело чисто уголовного характере из органа, который компетентен вести такие дела. Если т. Андреев полагает, что у нас слишком ярко выражен карательный подход, то его дело было сообщить об этом президиуму ЦКК, а не вести следствие на эту тему и подрывать авторитет ГПУ и наших заслуженных товарищей. Такой подход считаю глубоко неправильным и прошу вынести свое решение по этому вопросу»43.
22 марта 1923 г. был арестован меньшевик А. Г. Гуревич, управляющий государственным молочным заводом за активную антисоветскую деятельность. 14 апреля по просьбе заместителя председателя СТО А. Д. Цюрупы ГПУ более тщательно рассмотрело дело Гуревича. Дзержинский лично знакомился с материалами дела. И 19 мая 1923 г. он писал Уншлихту: «Прочел внимательно все дело Гуревича. Считаю все пункты обвинения измышлением. В заключении Гyревич обвиняется:
1).