Временное Сибирское правительство 3 августа 1918 г. постановило предать всех представителей советской власти политическому суду Всесибирского учредительного собрания. В результате только в Омске было расстреляно 1500 человек. Верховное управление Северной области сразу начало арестовывать большевиков, левых эсеров, советских работников.
На территории, подконтрольной антисоветским правительствам, обычным явлением стали самосуды, погромы, показательные и массовые аресты по доносам, телесные наказания, повальные обыски жителей городов и сел без соблюдения установленных правил. По отношению к арестованным царил произвол. Наказывались не за конкретную деятельность, а лишь за принадлежность к политической партии и за идейные убеждения. Только в местах заключения на подвластной Комучу территории министерством юстиции содержалось около 20 тысяч человек. На Севере за один год на территории с населением в 400 тыс. чел. только через архангельскую тюрьму прошло 38 тысяч арестованных, из них 8 тысяч расстреляно и более 1 тысячи умерло от побоев и болезней. Город Екатеринбург превратился в одну сплошную тюрьму. Почти все здания заполнены в большинстве невиновными арестованными. В Восточной и Западной Сибири все тюрьмы были также переполнены. В Ижевске около 3 тыс. и содержалось на баржах, приспособленых под временные тюрьмы. В Мурманске интервенты превратили корабли и баржи в плавучие тюрьмы. За колючей проволокой в десятках концлагерей под открытым небом в Тоцком, Бузулуке и уездах содержались арестованные; концлагерь смерти был создан на безлюдном о. Мудьюг. Условия, в которых содержались арестованные, были невыносимо тяжелыми. Никакие человеческие и гражданские права за арестованными не признавались, и в любой момент они могли стать жертвой грубого произвола.
Кровавые расправы были учинены в Казани, Ижевске, Воткинске, во многих заводских поселках и деревнях Прикамья, в Архангельске. На большевиков и сторонников советской власти устраивалась настоящая охота, была установлена система заложничества. Неудачи на фронте вели к ужесточению «беспощадных расстрелов» дезертиров, пленных красноармейцев. При наступлении Красной Армии узников тюрем и лагерей эвакуировали в «эшелонах смерти» в Самару, Уфу, а оттуда в «белую» Сибирь и на Дальний Восток в лютые морозы, когда свирепствовала эпидемия тифа и др. болезни при отсутствии теплой одежды и медицинской помощи. С особой жестокостью подавлялись восстания недовольных существовавшим режимом: в начале сентября 1918 г. были расстреляны из орудий и пулеметов