Во избежание безосновательного дискредитирования сотрудников советских учреждений и граждан при самом расследовании якобы совершенных ими преступлений, а также, чтобы не дать основания толкам о безнаказанности ответственных сотрудников, Дзержинский приказал:
«1. Всякое заявление, поступившее в органы ВЧК, о преступной деятельности советских работников и вообще граждан, должно быть внимательно просмотрено и сохранено в строжайшем секрете.
2. Лиц, подавшее заявление, основательно обследовать, и, если возбуждать дело, то только в том случае, если подавший заявление заслуживает доверия, заявление его не является клеветой и податель его может быть вполне ответственен за свое заявление.
3.Если после такого расследования заявление окажется ложным, основанным на сведении личных счетов и т. п., привлечь заявителя к ответственности по обвинению в ложном доносе и дискредитировании Советской власти.
4. О всех материалах, поступивших в органы ВЧК, порочащих советских или партийных работников, сейчас же сообщать председателю исполкома, парткома или других советских н партийных органов по принадлежности, и в дальнейшем свои действия согласовать с этими товарищами…»35.
Ведение наиболее важных дел было на контроле у председателя ВЧК. 30 декабря 1920 г. он направил телеграмму в Тулу А.И. Каулю, чтобы были прекращены всякие допросы Сундукова и, как только позволит его здоровье, прислать его немедленно в Москву. Было также предложено не выносить приговоров по делам левых эсеров максималистов и анархистов и в исполнение не приводить, а все дела, законченные следствием, направлять в Москву ВЧК со своим заключением, оставляя арестованных в Туле до особого распоряжения36.
Поскольку в конце 1920 г. Бутырская тюрьма была переполнена арестованными по различным делам, Дзержинского дал указание всем уполномоченным СО ВЧК, ТО ВЧК и начальникам специальных отделений ОО ВЧК в конце 1920 г. в 3-х дневный срок «пересмотреть все дела, как находящиеся в следственной разработке, так и дела осужденных, на предмет изменения меры пресечения в отношении арестованных. Дела на арестованных, предназначаемых к освобождению, немедленно докладывать начальникам соответствующих отделов на предмет рассмотрения и утверждения заключений. В отношении арестованных, к коим не может быть изменена мера пресечения, выяснить возможность их перевода в тюрьмы по месту рождения. Переводы в Бутырскую тюрьму с сего числа прекратить. Учетно-Регистрационному отделению впредь до особого распоряжения политических заключенных направлять в Лефортовскую