Синод Сербской Церкви также активно поддерживал епископа Горазда в его столкновениях с архиепископом Савватием. Так 8 января 1941 г. Синод одобрил решения епископа Горазда и Епархиального совета, которые осудил попытки Владыки Савватия захватить церковную власть в Протекторате, и поручил им и далее защищать права и интересы Православия в Чехии в рамках юрисдикции Сербской Православной Церкви. В это же время Синод написал в югославский МИД ходатайство с просьбой защитить Православие на территории бывшей Чехословакии и обратиться к германским властям за разрешением на приезд еп. Горазда на заседание очередного Архиерейского Собора (5 февраля). Вопрос о покушениях архиеп. Савватия на захват церковной власти в Протекторате и его неудачных попытках отстранить еп. Горазда еще дважды рассматривался на заседаниях Сербского Синода – 5 февраля и 1 апреля 1941 г.[85]
Между тем, используя некоторое благоволение к нему Рейхсминистерства церковных дел, епископ Горазд 28 августа 1940 г. попросил у него разрешения на учебу пяти чешских кандидатов в священники на Богословском факультете Белградского университета, так как Сербский Синод 28 июня ответил, что примет этих кандидатов на факультет, если германское правительство разрешит им учиться в Белграде. Министерство отправило 18 сентября свое разрешение рейхспротектору, однако тот 26 сентября ответил отказом, сославшись на существующий принципиальный запрет получения высшего образования чешскими студентами. Не смирившись, церковное министерство 12 октября обратилось за поддержкой в Рейхсминистерство науки, воспитания и народного образования, прося учесть особое положение маленькой епархии. Но и это ведомство 16 ноября ответило отказом.[86]
До оккупации Югославии в апреле 1941 г. епископ Горазд оставался в непосредственном подчинении Священному Архиерейскому Синоду Сербской Церкви. К этому времени, согласно сообщению сербского церковного календаря, Чешско-Моравская епархия,