Однако в таком урезанном виде страна просуществовала всего несколько месяцев. 14 марта 1939 г. было провозглашено самостоятельное Словацкое государство, а на следующий день – 15 марта чешские земли были оккупированы германскими войсками (все Закарпатье захватила Венгрия). Чехословакия перестала существовать. 16 марта А. Гитлер подписал указ, в соответствие с которым чешские земли (Чехия, Моравия и Силезия) включались в состав III рейха в качестве Протектората Богемия и Моравия, управляемого немецким протектором.
О состоянии православной епархии после оккупации чешских земель позволяет судить письмо, направленное епископом Гораздом в Министерство образования и народного просвещения Протектората 4 апреля 1939 г. Владыка сообщал, что к середине марта в состав его епархии входило 11 общин, из которых 2 располагались в Чехии и 9 – в Моравии: «В результате отхода земель к Германии и Польше ни одна церковная община не была утрачена». Все административные центры православных приходов остались на территории Протектората. Тем не менее, на отторгнутых территориях проживал 1391 человек православного вероисповедания (то есть 5, 7 % от общего количества православных в Чешских землях).[59]
Епископ Горазд сообщал в министерство, что верующие, оказавшиеся за пределами Протектората, «до настоящего времени остаются в духовном подчинении Чешской православной епархии в Праге». Он полагал, что, прежде чем предпринимать какие-либо реформы в деле организации церковного управления, следует дождаться стабилизации политической ситуации и уже затем в сотрудничестве с правительственными органами Германии, Польши и Протектората приступить к урегулированию церковных проблем. Владыка также считал, что это урегулирование должно стать результатом соглашения чешского православного епископа с архиепископом Берлинским и митрополитом Варшавским.[60]
Cербская Православная Церковь восприняла порабощение Чехословакии, как акт агрессии против всего славянства. Ее Синод весной 1939 г. пригласил Владыку Горазда принять участие в предстоящем в мае Архиерейском Соборе и выступить на нем с сообщением о положении Чешской епархии и политических переменах в стране, однако германские власти запретили епископу поехать в Югославию (это отмечалось на заседании Собора 9 мая).[61]
Даже в условиях раздела и оккупации Чехословакии епископ Горазд старался воодушевлять свою паству, воспитывая в ней любовь к Родине. Он снова обратился