Через три недели после оккупации Югославии епископу Горазду стало известно о готовящихся арестах православного духовенства в Протекторате, и 28 мая 1941 г. он обратился к архиепископу Берлинскому и Германскому Серафиму с прошением о том, чтобы он принял Чешскую и Моравскую епархию «под свое архипастырское попечение, заботу и защиту, как в церковном, так и в государственно-политическом отношениях», поскольку «всякий епископ должен подчиняться высшему органу». Епископ отмечал, что написал прошение без согласия Матери-Церкви, поэтому он выражал желание и надежду, что после окончания войны вопрос его епархии будет урегулирован каноническим образом, по соглашению с Сербской Церковью, и она санкционирует этот шаг.[92] Оккупация Югославии сделала невозможными существовавшие прежде церковные связи, и решение еп. Горазда полностью являлось его собственной инициативой.
Как видно из немецких документов, массовые аресты священников Чешской епархии не планировались, но негативное отношение к ней рейхспротектора после разгрома Югославии проявилось очень ярко. Так 4 июня 1941 г. он написал представителю германского МИДа в Праге, что Сербская Церковь в последнее время действует с особой враждебностью к Германии, а подчиняющаяся Сербскому Патриарху Чешская Православная Церковь «бросается в глаза своей с каждым годом растущей деятельностью и открыто панславянской программой. Сегодня Церковь имеет в Протекторате большой успех. Так недавно в Кёниггретце состоялось учредительное собрание чешской православной общины, на котором православный священник Чикл из Праги представил Православную Церковь, как единственное возможное вероисповедание всех славянских народов». Рейхспротектор делал вывод, что в будущем существует возможность враждебной Германии панславянской совместной работы чехов и сербов под религиозным покровом.[93]
Между тем архиепископ Серафим развернул активную деятельность, направленную на то, чтобы добиться согласия различных германских ведомств на включение чешских общин в свою епархию. 19 июня согласие на это выразило ведомство шефа полиции безопасности и СД, 7 августа – германский МИД, Рейхсминистерство церковных дел естественно также было согласно, так как само ранее проявляло инициативу в этом вопросе.
Как видно из интервью одного из членов Синода Сербской Церкви немецким журналистам 11 сентября 1941 г., он тогда принципиально не возражал против подчинения Чешской епархии архиепископу Серафиму, а лишь выражал сомнение, что это в германских интересах: «Если бы Немецкая Православная Церковь была автокефальной, то у Чешской Православной Церкви была бы возможность объединиться с автокефальной Немецкой Церковью… Если германское государство не учредит автокефальную Православную Церковь при жизни архиепископа Серафима, то еще