La formación del primer replicador activo fue un acontecimiento que cambió el mundo. Se puede afirmar que hay algo nuevo bajo el sol, ya que introduce la selección natural y, por lo tanto, la evolución en este mundo. Ningún proceso de copiado es perfecto. Por ello, en alguna etapa del proceso, después de un número indeterminado de copias, las del primer replicador empiezan a ser diferentes unas de otras. Aparece una población de variantes. Dentro de la población de los diferentes replicadores, algunos tendrán mayores probabilidades de éxito que los demás. Estos serán los que tendrán una propensión más alta a ser copiados. Otros, en cambio, tendrán una propensión mucho menor; son menos estables o requieren un ingrediente que es menos común en el caldo. Eso crea las condiciones para que opere la selección natural. Dado que los recursos no son infinitos, la replicación de un linaje tendrá consecuencias para los demás linajes. Y de este modo empieza a actuar la evolución dirigida por la selección:
Competición + variación + replicación = selección natural + evolución
Los replicadores que descienden del original son depurados por la selección natural: las variantes con características que facilitan la replicación se volverán más comunes; en cambio, las variantes con características que hacen que la replicación sea menos probable serán cada vez más escasas o, incluso, se extinguirán.
Existen claras diferencias entre el mundo en su primera etapa de evolución y el nuestro. Los genes de hoy en día están formados por ADN: más concretamente, son secuencias de cuatro bases nitrogenadas: adenina, guanina, citosina y timina (que se suelen abreviar como A, G, C y T) unidas a una columna vertebral de azúcar y fosfato. La función mejor conocida de los genes actuales es la codificación de proteínas. De hecho, cuando los biólogos hablan de genes (por ejemplo, cuando hablan del número de genes que porta un determinado organismo) lo que tienen en mente es la secuencia de bases que codifica para una proteína en particular. Esta especificación puede producirse gracias a un código prácticamente universal. Las secuencias de bases nitrogenadas se leen en grupos de tres, cada uno de los cuales especifica uno de los veinte aminoácidos (excepto los que especifican una señal de finalización). Por lo tanto, sucesiones largas de bases nitrogenadas especifican secuencias de aminoácidos, y dichas secuencias son las «estructuras primarias» de las proteínas. El proceso mediante el cual los genes producen proteínas es indirecto, requiere la participación de dos ARN intermediarios —conocidos como ARN mensajero y ARN de transferencia— y depende de una compleja maquinaria celular. Además, muchos genes son silenciosos: no codifican para proteínas, y, hasta hace muy poco, se creía que eran pasajeros inertes en los genomas de los organismos. Sin embargo, ahora se sabe que tales genes juegan a veces un papel en la regulación de la expresión de los genes que codifican proteínas, ayudándolos a activarse o desactivarse.
El resultado es que esos genes, y el sistema gen-proteína, son, en sí mismos, productos complejos de la evolución. Los primeros replicadores no eran, desde luego, secuencias de ADN. Tal vez fueran secuencias de ARN (en las que el uracilo reemplaza a la timina). El ARN no posee una única configuración geométrica estable como le ocurre al ADN: la famosa formación en doble hélice. Esto hace que el proceso de copiado del ARN sea más propenso a sufrir errores. Pero el hecho de que las moléculas de ARN puedan poseer diversas configuraciones físicas también hace posible que el ARN pueda ayudar químicamente a organizar su propia replicación. En la jerga química, el ARN, y no el ADN, es un potencial catalizador de su propio proceso de copiado. (Un catalizador es una molécula que posibilita una reacción química sin sufrir alteración alguna debida a esa misma reacción). Por lo que un «mundo de ARN» es un posible escenario para el inicio de la evolución, pero incluso este punto es muy controvertido.
Así que los primeros replicadores no fueron secuencias de ADN. No se organizaron en alianzas que construían organismos. Más aún, este era el mundo del llamado «Replicador Desnudo». En nuestro mundo, los genes se replican y el organismo interactúa con el medio ambiente tanto para proteger los genes que porta como para asegurarse los recursos necesarios para su copiado. Por lo tanto, los biólogos distinguen entre el genotipo de un organismo (el conjunto de genes que porta) y el fenotipo (su forma desarrollada, su fisiología y su conducta). Pero, en esta primera fase de la evolución, la misma entidad actúa tanto para asegurar los recursos como a modo de plantilla para su propio copiado. Existe una replicación y una interacción con el medio ambiente, pero no existe una especialización de funciones. En un mundo en el que no hay organismos para vestir a los replicadores —ningún vehículo que los transporte— la selección no actúa construyendo vehículos mejor adaptados. Más bien actuará seleccionando propiedades moleculares de los propios replicadores. Tal como dice Dawkins en su conocida frase, la selección operará produciendo variedades con un nivel más alto de «fidelidad, fecundidad y longevidad».
Existen diversas opiniones acerca de la idoneidad del mito de la creación de Dawkins, ya que, según algunos, la vida tuvo sus orígenes en una estructura protocelular que no poseía ninguna clase de química especializada que jugase un papel crucial en el proceso de replicación. Pero, si esa primera época evolutiva fuera tal como Dawkins la pinta, no hay ninguna duda de que, en ese ambiente concreto, los replicadores son las unidades de selección. Y es que no hay nada más que experimente ese cambio evolutivo. Tal vez los primeros replicadores no puedan considerarse seres vivos, pero, ciertamente, no hay nada en ese mundo que se parezca lo más mínimo a algo vivo. Geológicamente hablando, esta primera época donde empieza el proceso de la evolución no puede haber durado mucho tiempo. Poco después, la Tierra se volvió inhabitable, y aparecen en el registro fósil organismos parecidos a las bacterias. Estos fósiles se encontraron en rocas con una antigüedad aproximada de 3.500 millones de años en la región de Pilbara, en el oeste de Australia. Así pues, en el espacio de, como mucho, unos pocos cientos de millones de años, los replicadores primitivos tuvieron que combinarse en alianzas unidas físicamente y funcionalmente que formaron las primeras estructuras similares a una célula. También durante esta fase los genes construidos a partir de secuencias de ADN habían suplantado probablemente a los antiguos replicadores cuyo origen inició todo este proceso evolutivo. La vida (ya que las bacterias están indudablemente vivas) había pasado por entonces el umbral de organismo.
La «invención» del organismo, tal vez incluso la de las células más simples, cambió la naturaleza tanto de la evolución como de la selección. Había aparecido en escena la división del trabajo. Y es que la invención del organismo es la creación de un vehículo especializado para proteger a los replicadores y recoger los recursos que necesitan para hacer nuevas copias de ellos mismos. Algunos vehículos se adaptarán mejor a sus circunstancias que otros. Tendrán éxito diferencialmente. Este éxito ecológico diferencial de los vehículos causa la replicación diferencial de los replicadores que construyeron esos vehículos. Si las serpientes muy venenosas tienen más éxito ecológicamente que las variantes menos tóxicas de las mismas especies, hará que los replicadores asociados a las variantes más venenosas se repliquen con más frecuencia. En el acervo génico de esa especie, los linajes de genes asociados con las variantes venenosas reemplazarán a los linajes asociados con las serpientes menos tóxicas.
Así que, una vez cruzado el umbral de organismo, la selección natural actúa habitualmente de forma directa sobre los organismos y de forma indirecta sobre los replicadores. Es más, selecciona equipos de replicadores, todo el genoma que ha construido el vehículo, en lugar de replicadores individuales. La vida ha pasado a ser fundamentalmente cooperativa. Y es que, si un organismo muere, se destruyen todos los replicadores que hay en él. Si tiene éxito reproduciéndose, cada replicador presente en él comparte ese éxito; o, por lo menos, la misma oportunidad de compartir