Desde cierta perspectiva, la interrupción de las negociaciones de la OMPI/CIG y la débil implementación del Protocolo de Nagoya por los países europeos pueden ser vistas como grandes retrocesos en la protección de los derechos sobre el conocimiento tradicional. Desde otra perspectiva, puede entenderse como una oportunidad para los pueblos indígenas y comunidades locales de reflexionar respecto de la mejor manera de asegurar la protección de sus derechos. A la fecha, el desarrollo de instrumentos internacionales para la protección del conocimiento tradicional ha correspondido a los Estados, mientras que los pueblos indígenas y comunidades locales han sido tratados solo como observadores y, en el mejor de los casos, como interlocutores tolerados. La consecuencia ha sido una legislación débil, una mala implementación y la suspensión de las negociaciones CIG según los caprichos de los Gobiernos. También ha significado un alejamiento progresivo de las formas de protección sui géneris y un avance hacia sistemas de propiedad intelectual individualistas, que son opuestos a los sistemas de administración colectiva de los pueblos indígenas y comunidades locales (Tobin, 2014b, p. 167).
Los pueblos indígenas son reconocidos como legisladores bajo la ley internacional de derechos humanos. Como tales, tienen la capacidad legal y el derecho de desarrollar sus propios protocolos, incluyendo protocolos locales, de un pueblo o varios pueblos en uno o más países, a nivel regional y global. Estos protocolos son una manera de que los pueblos indígenas puedan definir los parámetros, los elementos y las modalidades para la protección sui géneris del conocimiento tradicional. El Protocolo de Nagoya requiere que los Estados Partes apoyen el desarrollo de protocolos comunitarios. En el pasado, la Comunidad Andina ha apoyado el desarrollo, por parte de los pueblos indígenas, de lo que puede ser considerado un primer borrador para un Protocolo regional sobre estos asuntos (De la Cruz, 2007). A nivel internacional, sería útil que el Foro Permanente para las Cuestiones Indígenas de las Naciones Unidas, la OMPI y/o el Convenio sobre Diversidad Biológica y el Protocolo de Nagoya adopten programas positivos para respaldar a los pueblos indígenas y comunidades locales en el desarrollo de protocolos bioculturales. En el desarrollo de protocolos se pueden tomar en cuenta las leyes existentes y las propuestas legislativas hechas por los pueblos indígenas y comunidades locales o en colaboración con ellos, así como sus declaraciones y comunicaciones sobre estos temas y sus propias leyes y protocolos consuetudinarios. Los protocolos de esta naturaleza pueden ayudar a proporcionar una indicación clara sobre la naturaleza, la envergadura y la forma de protección del conocimiento tradicional consideradas apropiadas y que constituyan un aporte importante para el desarrollo de leyes nacionales, regionales e internacionales. También podrían ayudar a la realización de los derechos humanos relacionados con la participación y la consulta, y con el respeto, el reconocimiento y la consideración de la ley consuetudinaria.
La Comunidad Andina ya ha dado varios pasos preliminares hacia el desarrollo de una legislación regional sobre el conocimiento tradicional. Ahora sería un momento muy oportuno para revivir sus esfuerzos y asumir otra vez el liderazgo en el desarrollo de la normatividad internacional en esta área. Esto es aún más importante si se considera la participación de algunos países andinos en procesos de negociación de tratados de comercio regionales que pueden llegar a definir las pautas por la protección o no protección de los conocimientos tradicionales a nivel regional e internacional. En estos procesos de negociación de tratados y desarrollo de legislación regional, los Estados andinos deberán tomar en cuenta los derechos de los pueblos indígenas sobre sus conocimientos y recursos genéticos, que incluyen los derechos a ser consultados, al consentimiento previo e informado, y al respeto y la consideración de sus sistemas de derecho consuetudinario y protocolos comunitarios. De esta manera, se da un gran paso para asegurar que el desarrollo y la implementación de las leyes internacionales, incluyendo el Protocolo de Nagoya y los instrumentos del CIG, garanticen que el uso de los conocimientos tradicionales de los pueblos indígenas y comunidades locales en cualquier parte del mundo requiere su consentimiento previo e informado de acuerdo con sus propias leyes, costumbres y tradiciones.
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