Начался “перебор людишек” – не зачисленные на опричную службу прежние обыватели этих улиц и слобод были выселены из своих домов в другие части посада. Для содержания этого двора “на свой обиход” царь отобрал в опричнину около 20 городов с уездами и несколько отдельных волостей, в которых земли розданы были опричникам, а прежние землевладельцы выведены были из своих вотчин и поместий и получили земли в неопричных уездах. Опричная область не составляла сплошной территории, в нее вошли волости, расположенные на разных концах Московского государства, и даже отдельные части городов (как, например, позже была взята в опричнину Торговая сторона Новгорода). Остальная страна получила наименование земщины. Все центральные учреждения, оставшиеся в земщине, приказы, должны были действовать по-прежнему, “управу чинить по старине”, под руководством земской Боярской думы, которая должна была о важнейших делах докладывать государю.
Второй пункт указа вводил в стране новый правовой режим: за царем признавалось полное право по произволу казнить и миловать “лиходеев” и “изменников” (“и в тех ведает бог да он, государь, и в животе и в казни его государьская воля…”). Таким образом, высшая власть получала право бессудной казни. До тех пор обычай не позволял великому князю лишать кого-либо чести, жизни или имущества, “не осудя праведным судом с бояры своими”. В силу этого пункта уже в ближайшие недели было казнено и отправлено в ссылку несколько видных бояр.
Во всей истории России нет эпизода (кроме, может быть, Петровских реформ или ленинской революции), который вызывал бы между историками столько ожесточенных споров, как опричнина. Историки XIX в., начиная с основателя отечественной исторической науки Николая Михайловича Карамзина, видели в ней лишь “бессмысленную тиранию”, следствие “ужасной перемены в душе царя” после смерти любимой жены Анастасии. В. О. Ключевский говорил о введении опричнины: “Если все это не простое сумасбродство, то очень похоже на политический маскарад, где всем государственным силам нарочно даны несвойственные им роли и поддельные физиономии”, а сама опричнина имела характер орудия, направленного исключительно “против лиц, а не против порядка”, и в этом качестве не имела “политического смысла”. В конце века С. Ф. Платонов попытался найти в опричной политике социальный смысл: он выдвинул гипотезу, будто бы опричнина была орудием борьбы центральной власти с “потомками владетельных князей” и “подвергла систематической ломке вотчинное землевладение служилых княжат вообще,