Боярин Борис Федорович Годунов и кудесники, предсказывающие ему царствование. Художник А. Д. Кившенко
В Сибири, где по смерти Ермака русское дело казалось проигранным, правительство Федора Ивановича восстановило русское господство. И здесь русская колонизация была упрочена постройкой городов: Тюмени, Тобольска, Пелыма, Березова, Сургута, Тары, Нарыма, Кетского острога и переводом поселенцев из России, преимущественно северо-восточной. Во время правления Бориса также усилено укрепление Москвы постройкой Белого города и воздвигнуты каменные стены Смоленска, сослужившие великую службу в Смутное время.
Ко времени правления Бориса относится учреждение патриаршества, которое сравняло первосвятителя Русской церкви со вселенскими восточными патриархами и дало ему первенство перед митрополитом Киевским. Вместе с тем четыре архиепископии были возведены в достоинство митрополий: новгородская, казанская, ростовская и крутицкая: шесть епископов сделались архиепископами, и вновь явилось восемь епископств. Другим важным событием внутренней истории России была отмена Борисом Юрьева дня, то есть права свободного перехода крестьян от одного владельца к другому.
Из указа царя Василия Ивановича Шуйского узнаем, что «царь Федор по наговору Бориса Годунова, не слушая совета старейших бояр, выход крестьян заказал». Указа о прикреплении не сохранилось, но он должен был относиться к первым годам царствования Федора, как видно из царского указа 1597 года. Целью прикрепления было обеспечить государственную службу помещиков и платеж повинностей, а это требовало необходимо твердой оседлости земледельческого класса. Прикрепление совершилось в интересах мелких служилых людей, которые при праве свободного перехода не могли выдерживать конкуренции с крупными светскими землевладельцами, а также с духовными, которые привлекали крестьян на свои земли более льготными условиями. Указ о воспрещении перехода не позволяет, однако, считать Бориса основателем крепостного права, так как оно было создано жизнью, а не законодательным актом.
В 1591 году совершилось событие, имевшее огромное влияние на судьбу Бориса: 15 мая в Угличе погиб царевич Дмитрий, причем жители Углича перебили людей, заподозренных ими в убийстве царевича. Следствие, произведенное на месте особой комиссией, присланной из Москвы, выяснило, что царевич, страдавший падучей болезнью, был не убит, но, играя в тычку ножом, в припадке упал на нож и зарезался. Народная молва обвинила в убийстве Бориса.
Насколько действительно Борис виноват в преждевременной смерти царевича, остается до сих пор темным. Обвинение же Бориса в убийстве основывается главным образом на соображении, что смерть Дмитрия была в интересах Бориса: она не только спасала его от опалы в будущем, но и очищала дорогу к престолу. После угличского происшествия клевета не раз чернила