A punto ya de concluir el Concilio Ecuménico Vaticano II, se celebró una Sesión solemne ante el Sumo Pontífice Pablo VI, el 20 de noviembre de 1965 —en la que estuvieron presentes los Cardenales miembros, los Secretarios, consultores y oficiales de la Secretaría, que había sido constituida entretanto—, con el fin de celebrar la inauguración pública de los trabajos de revisión del Código de Derecho Canónico. En la alocución del Sumo Pontífice se ponen como los fundamentos de toda la labor, y se recuerda que el Derecho Canónico proviene realmente de la naturaleza de la Iglesia y que así como su raíz se encuentra en la potestad de jurisdicción atribuida por Cristo a la Iglesia, su fin se cifra en el empeño por conseguir la salvación eterna de las almas; se ilustra además el carácter del derecho de la Iglesia; se defiende su necesidad contra las objeciones más corrientes; se indica el progreso histórico del derecho y de las colecciones; y, sobre todo, se evidencia la urgente necesidad de una nueva revisión, a fin de que la disciplina de la Iglesia se acomode convenientemente a las diversas condiciones de la realidad.
Por lo demás, el Sumo Pontífice señaló a la Comisión dos elementos que debían presidir todo el trabajo. En primer lugar, que no se trataba tan solo de una nueva ordenación de las leyes, como se había hecho al elaborar el Código Pío-Benedictino, sino también, y esto era lo principal, de reformar las normas de acuerdo a otra mentalidad y a otras exigencias nuevas, aunque el antiguo derecho debiera suministrar el fundamento. Y en segundo lugar, que se tuviesen en cuenta para esta labor de revisión todos los Decretos y Actas del Concilio Vaticano II, ya que en ellos se encontrarían las directrices esenciales de la renovación legislativa, porque, o bien se habían publicado normas que afectaban directamente a los nuevos proyectos organizativos y a la disciplina eclesiástica, o bien por la conveniencia de que los tesoros doctrinales de este Concilio, que tanto habían aportado a la vida pastoral, tuviesen en la legislación canónica sus corolarios prácticos y su necesario complemento.
En los años que siguieron, el Sumo Pontífice recordó a los miembros de la Comisión, a través de reiteradas alocuciones, preceptos y consejos, los dos elementos mencionados, y nunca dejó de dirigir en profundidad todo el trabajo y de seguirlo asiduamente.
Con el fin de que unas subcomisiones o grupos de estudio pudieran emprender la tarea de una manera orgánica, era necesario ante todo que se seleccionaran y aprobaran ciertos principios que marcasen la pauta a seguir para todo el proceso de revisión del Código. Una comisión central de consultores preparó el texto de un documento, que, por orden del Sumo Pontífice, se sometió al estudio de la Asamblea General del Sínodo de Obispos en el mes de octubre de 1967. Casi unánimemente fueron aprobados los siguientes principios: 1.º) Al renovar el derecho debe conservarse completamente inalterado el carácter jurídico del nuevo Código, exigido por la misma naturaleza social de la Iglesia; por lo tanto corresponde al Código dar normas para que los fieles, en su vida cristiana, participen de los bienes que la Iglesia les ofrece a fin de llevarles a la salvación eterna; y para esto el Código debe definir y proteger los derechos y deberes de cada uno respecto a los demás y respecto a la sociedad eclesiástica, en la medida en que atañen al culto de Dios y salvación de las almas. 2.º) Ha de haber una coordinación entre el fuero externo y el fuero interno, como es propio de la Iglesia y ha tenido secular vigencia, de forma que se evite un conflicto entre ambos fueros. 3.º) En el nuevo derecho, a fin de favorecer lo más posible la atención pastoral de las almas, además de la virtud de la justicia, debe tenerse en cuenta también la caridad, la templanza, la benignidad y la moderación, por medio de las cuales se favorezca la equidad, no solo en la aplicación práctica de las leyes que han de llevar a cabo los pastores de almas, sino en la misma formulación legislativa, y por ello deben desecharse las normas excesivamente severas, y atenerse con preferencia a las exhortaciones y persuasiones allí donde no haya necesidad de observar el derecho estricto porque esté en juego el bien público y la disciplina eclesiástica general. 4.º) Para que el Sumo Legislador y los Obispos contribuyan armónicamente al cuidado de las almas, y el servicio de los pastores se presente de modo más positivo, conviene que, en orden a la dispensa de las leyes generales, se conviertan en ordinarias las facultades que hasta ahora eran extraordinarias, reservándose a otras autoridades superiores o a la potestad Suprema de la Iglesia universal tan solo las que exijan excepción en razón del bien común. 5.º) Que se atienda bien a un principio que se deriva del anterior y se llama principio de subsidiariedad, y que tiene aún mayor vigencia en la Iglesia, en cuanto que el oficio episcopal, con los poderes anejos, es de derecho divino. Con este principio, a la vez que se respeta la unidad legislativa y el derecho universal o general, se defiende la oportunidad, e incluso la exigencia de velar para que, de modo especial, resulten útiles cada una de las organizaciones instituidas, a través de sus derechos particulares y de una saludable autonomía del poder ejecutivo particular que se les ha reconocido. Fundado, pues, en ese mismo principio, el nuevo Código debe conceder a los derechos particulares o a la potestad ejecutiva aquello que no resulte necesario para la unidad de la disciplina eclesiástica universal, de suerte que se dé paso a razonables «descentralizaciones», como se dice, cuando no haya riesgo de disgregación o de constitución de Iglesias nacionales. 6.º) En razón de la igualdad fundamental de todos los fieles, y de la diversidad de funciones y cargos que radica en el mismo orden jerárquico de la Iglesia, conviene que se definan adecuadamente y se protejan los derechos de las personas. Esto hará que los actos de potestad aparezcan más claramente como un servicio, se dé una base más sólida al empleo del poder, y se eliminen los abusos. 7.º) Para que todo esto se concrete en la práctica es necesario que se ponga especial cuidado en disponer un procedimiento destinado a tutelar los derechos subjetivos; por tanto, al renovar el derecho, atiéndase a lo que hasta ahora se echaba de menos en este sentido, a saber, los recursos administrativos y la administración de justicia. Para conseguirlo es necesario que se delimiten claramente las distintas funciones de la potestad eclesiástica, o sea, la legislativa, la administrativa y la judicial, y que se determine bien qué funciones debe ejercer cada órgano. 8.º) Debe revisarse de algún modo el principio de conservar la naturaleza territorial del ejercicio del gobierno eclesiástico, pues hay razones del apostolado moderno que parecen favorecer las unidades jurisdiccionales personales. Por tanto, el futuro ordenamiento jurídico habrá de establecer el principio de que, como regla general, el territorio determine el régimen jurisdiccional de una porción del Pueblo de Dios; pero sin que se impida por ello en absoluto, cuando lo aconseje así la utilidad, que se puedan admitir otros modos, al menos simultáneos con el territorial, como criterios para delimitar una comunidad de fieles. 9.º) Con respecto al derecho coactivo, al que la Iglesia, como sociedad externa, visible e independiente no puede renunciar, las penas deben ser, en general, ferendae sententiae, y han de irrogarse y remitirse tan solo en el fuero externo; las penas latae sententiae han de reducirse a pocos casos, e irrogarse tan solo para delitos muy graves. 10.º) Por último, como ya se admite con unanimidad, la distribución sistemática del Código exigida por la nueva adaptación quizá pueda esbozarse desde un principio, pero sin enmarcarla y decidirla con exactitud. Se irá configurando solo después del examen que requieren las distintas partes, e incluso cuando ya esté casi terminada la obra entera.
A partir de estos principios, que debían orientar el itinerario de revisión del nuevo Código, resulta evidente la necesidad de hacer constante referencia a la doctrina eclesiológica que desentrañó el Concilio Vaticano II, y concretamente, no solo la relativa al orden externo y social del Cuerpo Místico de Cristo, sino también y principalmente la que toca a su vida íntima.
De hecho, los consultores, al elaborar el nuevo texto del Código, se dejaron llevar como de la mano por estos principios.
Entretanto, por una carta del 15 de enero de 1966 enviada por el Emmo. Cardenal Presidente de la Comisión a los Presidentes de las Conferencias Episcopales, se solicitó de todos los Obispos del orbe que propusieran sus peticiones y consejos acerca de la codificación del derecho, y sobre el modo más conveniente de articular el debido cauce de comunicación entre las Conferencias Episcopales y la Comisión, para conseguir así, en bien de la Iglesia, la máxima cooperación en la tarea. Se pedía también que se enviaran a la Secretaría de la Comisión nombres de los expertos en derecho canónico que, a juicio de los Obispos, más destacaran en las distintas naciones,