В семье Боткиных вообще много музицировали. Так, Сергей Петрович играл на виолончели под аккомпанемент своей супруги, беря частные уроки у профессора Санкт-Петербургской Консерватории И. И. Зейферта. Таким образом, с самого раннего детства Е. С. Боткин получил основательное музыкальное образование и приобрёл тонкий музыкальный слух.
Кроме занятий музыкой, семья Боткиных жила также и насыщенной общественной жизнью. На ставшие знаменитыми «Боткинские субботы» собирался столичный бомонд: профессора Императорской Военно-Медицинской Академии, писатели и музыканты, коллекционеры и художники, среди которых были такие выдающиеся личности, как И. М. Сеченов, М. Е. Салтыков-Щедрин, А. П. Бородин, В. В. Стасов и др.
Уже с детских лет у Е. С. Боткина стали проявляться такие черты характера, как скромность, доброе отношение к окружающим и неприятие насилия. Так в своей книге «Мой брат» Петр Сергеевич Боткин писал:
«С самого нежного возраста его прекрасная и благородная натура была полна совершенства. Он никогда не был похож на других детей. Всегда чуткий, из деликатности, внутренне добрый, с необычайной душой, он испытывал ужас от любой схватки или драки. Мы, другие мальчишки, бывало, дрались с неистовством. Он, по обыкновению своему, не участвовал в наших поединках, но когда кулачный бой принимал опасный характер, он, рискуя получить травму, останавливал дерущихся. Он был очень прилежен и смышлён в учёбе».[105]
Начальное домашнее образование позволило Е. С. Боткину в 1878 году поступить прямо в 5-й класс 2-й Санкт-Петербургской классической гимназии, где почти сразу же проявились его блестящие способности в области естественных наук. Поэтому после окончания данного учебного заведения в 1882 году он поступает на Физико-Математический Факультет Императорского Санкт-Петербургского Университета. Однако пример отца-врача и любовь к медицине оказались сильнее, и уже на следующий год (сдав экзамены за первый курс университета) он поступает на младшее отделение открывшегося Приготовительного Курса Императорской Военно-Медицинской Академии.
В 1889 году умирает отец, Сергей Петрович, и почти в это же время Евгений Сергеевич успешно оканчивает ИВМА третьим в выпуске, удостоившись звания Лекаря с отличием и именной Пальцевской премии, которую присуждали «третьему по старшинству баллов в своём курсе…».
Свой путь практикующего эскулапа Е. С. Боткин начинает в январе 1890 года с должности Врача-ассистента Мариинской больницы для бедных, а в декабре этого же года его командируют в Германию, где он проходит практику у ведущих