Занимая столь высокое положение и будучи весьма близким к Государю человеком, Е. С. Боткин, тем не менее, был весьма далёк от какого-либо «вмешательства в Российскую государственную политику». Однако, как гражданин, он просто не мог не видеть всей пагубности общественных настроений, которые считал главными причинами поражения в Русско-Японской войне 1904–1905 г.г. Хорошо также понимал он и то, что разжигаемая врагами Престола и Отечества ненависть к Царской Семье и ко всему Дому Романовых выгодна лишь врагам России – той России, которой на протяжении многих лет служили его предки и за которую он воевал на полях сражений.
Пересмотрев впоследствии своё отношение к Г. Е. Распутину, он стал презирать тех людей, которые сочиняли или повторяли разные небылицы о Царской Семье и Её личной жизни. И о таких людях он отзывался следующим образом:
«Если бы не было Распутина, то противники Царской Семьи и подготовители революции создали бы его своими разговорами из Вырубовой, не будь Вырубовой, из меня, из кого хочешь».[114]
И ещё:
«Я не понимаю, как люди, считающие себя монархистами и говорящие об обожании Его Величества, могут так легко верить всем распространяемым сплетням, могут сами их распространять, возводя всякие небылицы на Императрицу, и не понимают, что оскорбляя Её, они тем самым оскорбляют Её Августейшего Супруга, которого якобы обожают».[115]
К этому времени не совсем всё удачно складывалось и в личной жизни Евгения Сергеевича.
В 1910 году, оставив детей на его попечение, от него уходит жена, увлекшаяся модными в то время революционными идеями, а вместе с ними и молодым, годившимся ей в сыновья, студентом Рижского Политехнического Института, который был моложе её на целых 20 лет. После ухода супруги Е. С. Боткин остался с тремя младшими детьми: Юрием, Татьяной и Глебом, поскольку его старший сын – Дмитрий – к тому времени уже жил самостоятельно. Внутренне сильно переживая уход жены, Евгений Сергеевич с ещё большей энергией стал отдавать тепло своей души оставшимся на его попечении детям. И, надо сказать, что те – обожавшие своего отца – платили ему полной взаимностью, всегда ожидая его с работы и тревожась всякий раз, когда он задерживался.
С началом Великой войны 1914–1918 годов Е. С. Боткин с присущей ему энергией принял участие в организации госпиталей и лазаретов для раненых воинов, обустраиваемых в Царском Селе.
И свидетельство сему – запись в дневнике Старшего Ординатора Собственного Ея Императорского Величества Государыни Императрицы Александры Фёдоровны Царскосельского лазарета № 3 при Дворцовом госпитале – Княжны В. И. Гедройц от 20 августа 1914 года:
«(…) Коллегия постановила для нужд военного времени занять