Руководство операции поручалось Судоплатову, связанному с агентурой среди троцкистов в Западной Европе, созданной разведчиком Эйтингоном, для чего были задействованы две самостоятельные группы. Первая – «Конь», руководимая Д. А. Сикейросом, мексиканским художником, лично известным Сталину, ветераном гражданской войны в Испании, жившим в Мексике, организатором мексиканской компартии. Вторая – группа «Мать» под руководством К. Меркадер, жившей с сыном Рамоном в Париже, завербованными в 1938 г. советской разведкой. В сентябре Рамон с поддельным канадским паспортом на имя Ф. Джексона познакомился с Сильвией Агелоф, также жившей в Париже, и супругами Росмерами, дружившими с семьей Троцкого.
Эйтингон разработал вариант штурма виллы Троцкого в Койоакане, реализованный группой Сикейроса 24.05.1940 г. Ворвавшись в резиденцию Троцкого, изрешетив через закрытую дверь его кабинет автоматными очередями, группа, лишенная возможности вести прицельный огонь, позволила Троцкому, спрятавшемуся под стол, остаться живым. Сталин не был раздражен неудачным покушением, лишь подтвердив свое прежнее решение, считая, что ликвидация Троцкого положит конец троцкистскому движению и отпадет необходимость финансирования борьбы с ним.
Спустя 30 лет Меркадер в ресторане Дома литераторов Москвы вспоминал о приведении им смертного приговора в исполнение, когда он появился на вилле Троцкого, застав того читающим статью. Повернув голову, Троцкий избежал прямого удара ледорубом. Меркадер, остолбенев от крика Троцкого, растерялся и не смог воспользоваться ножом. В комнату вбежала жена Троцкого с охранниками, Меркадера сбили с ног, не дав ему возможности выстрелить. Троцкий умер на следующий день в больнице.
Меркадера власти арестовали как Ф. Джексона, канадского бизнесмена, не зная его подлинное имя в течение шести лет. Они установили его лишь после побега из Москвы на Запад одного из видных испанских коммунистов. Личность Меркадера была идентифицирована, когда было получено из архивов его досье и отпираться стало бессмысленно. Ф. Джексон признал, что является Р. Меркадером, но отказывался признать, что убил Троцкого по приказу советской разведки, ссылаясь лишь на личные мотивы.
Отсидев 20 лет, Рамон был принят председателем КГБ Шелепиным, вручившим ему Звезду Героя СССР. В середине 70-х годов Меркадер уехал из Москвы на Кубу, став советником у Кастро. Скончался он в 1978 г., тело его было тайно доставлено в Москву и похоронено на Кунцевском кладбище, где и покоится под именем Рамона Ивановича Лопеса.
Судоплатов, подводя итог, вспоминал: «…Сталин и Троцкий противостояли друг другу, прибегая