В середине октября Витгенштейн решил вновь атаковать Полоцк. К нему на помощь двигался 12 (?) -тысячный корпус генерала Штейнгеля, который намеревался ударить во фланг войскам Сен-Сира. Надеясь на его подход в самое ближайшее время, Витгенштейн атаковал неприятельские войска, стоявшие вокруг Полоцка. Так началось Второе сражение под Полоцком – через три месяца и почти в эти же числа – 6—7 (18—19) октября, что и Первое. Сен-Сир действовал со своим обычным хладнокровием. Понимая, как важно удержать город в своих руках, он ожесточенно и успешно защищался от всех нападений русских. В ходе сражения новоиспеченный маршал был ранен, однако не оставил поле боя и продолжал руководить своими войсками. Попытки Витгенштейна захватить Полоцк не увенчались успехом и он отступил назад. Однако радость французов оказалась преждевременной. Пришло известие, что корпус Штейнгеля движется по левому берегу Двины, намереваясь выбить Сен-Сира с его позиций и загнать его войска в тиски. Перспектива оказаться в окружении не радовала маршала, он решил ночью оставить Полоцк и атаковать русских по частям. Жертвой Сен-Сир выбрал более малочисленный корпус Штейнгеля. Оставив Полоцк и, быстро перейдя по мостам через Двину, он атаковал Штейнгеля и разгромил его корпус, взяв полторы тысячи пленных. После этого относительного успеха как всегда осторожный и дальновидный Сен-Сир, сам потерявший за два дня Второго сражения под Полоцком до 8 тыс. чел., все же, «от греха подальше», начал отводить свои войска на соединение с ретирующимися из Москвы войсками Наполеона. Порой, можно встретить утверждение, что по сути дела «Сен-Сир тогда проиграл Витгенштейнау и отброшен за реку Западную Двину». Впрочем, «о вкусах (трактовках) не спорят»…
Узнав о тяжелом положении Сен-Сира, Наполеон приказал маршалу Виктору с его IX-м корпусом двигаться ему на помощь. Соединение состоялось, однако новоиспеченный маршал Франции Сен-Сир не желал быть в подчинении у маршала «1807 г. производства» Виктора. Еще не оправившись от ранения, полученного у Полоцка, Сен-Сир заболел тифом: сказались тяжелые условия походно-боевой жизни, суровый русский климат и раны. Передав командование корпусом генералу первоклассного дарования Леграну, в октябре 1812 г. он был эвакуирован во Францию.
Возвратился в строй он только летом 1813 г. Наполеон поручил ему сформировать в Саксонии XIV-й пехотный корпус.
В ту пору Гувьон часто встречался с императором. Они регулярно вместе обедали. Кажется, что маршал попал под обаяние Бонапарта. Страницы воспоминаний Сен-Сира, относящиеся к этому периоду, полны почтительных высказываний в адрес Наполеона. С другой стороны, Бонапарт вовсю использовал присущее ему умение располагать к себе людей. Недаром же в мемуарах Сен-Сира появилась фраза: «Император слушал меня с большим вниманием». Во всяком