Пока генерал Бонапарт воевал в Египте и Сирии, монархические державы развернули боевые действия не только в Германии, но и в Северной Италии. Причем, в последней обстановка для французов приобрела катастрофический характер. «Русский Марс» во главе русско-австрийской армии победоносно двигался к границам Франции, уничтожая плоды блестящих побед Бонапарта в 1796—1797 гг. В июне 1799 г. Сен-Сир был призван на службу и получил назначение в Итальянскую армию генерала Жубера (потом – Моро), действующую против «неистового старика Suvaroff», где возглавил одну из ее дивизий. Он прибыл туда накануне сражения у Нови [4 (15) августа 1799 года], в котором принял участие.
В том знаменательном для Суворова сражении (оно оказалось последним крупным сражением в его победоносной военной биографии!) Сен-Сир, отвечавший за центр французской позиции, сумел продемонстрировать все свое незаурядное тактическое умение в обороне и столь присущую ему выдержку. Лишь в шестом часу вечера, когда австрийцам Митровского из корпуса Меласа все же удалось обойти правый фланг французов и отвлечь туда внимание, срочно заступившего «на капитанский мостик» после гибели в самом начале битвы от шальной пули Жубера, Моро, в ходе боя случился перелом в пользу союзников. В отчаянном штыковом бою, неся большие потери, солдатам Дерфельдена и Багратиона наконец удалось прорвать в центре оборону Лорана Гувьона Сен-Сира и ворваться в Нови. У французов не осталось резервов и они не могли сдерживать неприятеля. Быстро оценив ситуацию, генерал Моро – признанный мастер «искусных ретирад» – немедленно отдал приказ к отступлению. Несмотря на поражение французов, арьергард под командованием Сен-Сира стойко противостоял русско-австрийской армии, давая возможность основным силам спокойно отойти. Примечательно, что лишь его сравнительно организованно отступившим солдатам удалось оторваться в горы от наседавших казаков с наименьшими потерями. Там Сен-Сир энергично занялся приведением в порядок разбитых войск и реорганизацией утративших боеспособность частей, что он проделал с успехом и в короткий строк. А вот будущие наполеоновские маршалы Периньон и Груши тогда попали в плен!
В конце 1799 г. он нанес серьезное поражение австрийцам при Кони (под Генуей), что позднее был награжден почетной саблей.
В январе 1800 г. Первый консул Французской республики Наполеон Бонапарт назначил Сен-Сира заместителем командующего Рейнской армией генерала Моро. Возглавляя непосредственное руководство одним из корпусов этой армии, он сыграл важную роль в достижении успеха в сражениях при Энгене (3 мая 1800 г.) и Биберахе (8 мая 1800 г.). В боевых действиях на завершающем этапе кампании 1800 г. в Германии, возобновившихся в конце ноября после истечения срока 4-месячного перемирия, и в знаменитом сражении при Гогенлиндене (3 декабря 1800 г.), вопреки утверждениям некоторых источников, Сен-Сир уже не участвовал.
Потом в его