При раскопках найдено большое количество виноделен, что говорит о большом производства вина в Боспорском царстве. Интересны винодельни III века, раскопанные в Тиритаке. Винодельни размером 5,5 на 10 метров находились в помещении и имели по три расположенных рядом давильные площадки, к которым примыкали три резервуара для слива виноградного сока. На средней площадке, отделенной от других деревянными перегородками, находился рычажно-винтовой давильный пресс. Три цистерны каждой из двух виноделен вмещали около 6000 литров вина.
В 50-х годах I века в Римской империи Цезарь и Помпеи начали гражданскую войну. Фарнак решил восстановить бывшее царство своего отца и в 49 году до н. э. отправился в Малую Азию возвращать себе понтийский престол. Фарнак II добился значительных успехов, но 2 августа 47 года до н. э. в сражении у города Зелы войско понтийского царя было разгромлено римскими легионами Юлия Цезаря, в донесении Сенату Рима написавшим свои знаменитые слова: «Veni, vidi, vici» – «пришел, увидел, победил». Фарнак вновь подчинился Риму и был отпущен назад в свои крымские земли, где в междоусобной борьбе был убит местным вождем Асандром. Победивший в гражданской войне Юлий Цезарь не принял Асандра и послал Митридата Пергамского занять Боспорское царство, который не сумел этого сделать и был убит. Асандр женился на дочери Фарнака Динамис в 41 году до н. э. был объявлен боспорским царем. В царстве постепенно восстановился прежний порядок и начался новый экономический подъьем. Значительно увеличился экспорт хлеба, рыбы, скота. В Боспор привозили вино в амфорах, оливковое масло, стеклянную, краснолаковую и бронзровую посуду, украшения. Основными торговыми партнерами Боспора стали малоазиатские города южного побережья Черного моря. Боспорское царство торговало с городами Средиземноморья, с Поволжьем и Северным Кавказом.
В 45–44 году до н. э. Херсонес отправляет в Рим посольство во главе с Г. Юлием Сатиром, в результате которого он получает от Цезаря элевтерию – «хартию свободы» – независимость от Боспорского царства. Херсонес был объявлен свободным городом и стал подчиняться только Риму, однако это продолжалось только до 42 года до н. э., когда, после убийства Цезаря, римский полководец Антоний лишил Херсонес и другие города в восточной части империи элевтерии. Асандр пытается захватить Херсонес, но неудачно. В 25–24 году до н. э. в Херсонесе вводится новое летоисчисление, обычно связываемое с тем, что новый римский император Август даровал городу права автономии, предоставляемой греческим городам на востоке. В это же время Август признал права Асандра на боспорский трон. Под нажимом Рима начинается очередное сближение Херсонеса и Боспорского царства.
В