В конце I века римские войска были отозваны с Крымского полуострова. Впоследствии в зависимости от политической обстановке в регионе римские гарнизоны периодически появляются и в Херсонесе и в Хараксе. Рим всегда внимательно следил за ситуацией, складывающейся на Крымском полуострове. Юго-западный Крым остался у скифов и сарматов, и Херсонес успешно наладил торговые связи со скифской столицей Неаполем и местным оседлым населением. Значительно увеличивается торговля зерном, Херсонес снабжает хлебом и продовольствием значительную часть городов Римской империи.
Во время правления боспорских царей Савромата I (94-123 годы) и Котиса II (123–132 годы) произошло несколько скифо-боспорских войн, в которых скифы потерпели поражение, не в последнюю очередь благодаря тому, что римляне опять оказали военную помощь Боспорскому царству и Херсонесу по их просьбе. Римская империя при Котисе вновь отдала верховную власть в Крыму Боспорскому царству и Херсонес в очередной раз оказался в зависимости от Пантикапея. В Боспорском царстве некоторое время находились римские воинские соединения. В Керчи раскопаны две каменные надгробные плиты центуриона Фракийской когорты и солдата Кипрской когорты.
В 136 году началась война римлян с аланами, пришедшими в Малую Азию, а тавро-скифские отряды осадили Ольвию, от которой были отброшены римлянами. В 138 году Херсонес получил от империи «вторую элевтерию», которая в то время означала уже не полную независимость города, а только давала ему право самоуправления, право распоряжаться своей землей и, очевидно, право гражданства. В это же время для защиты Херсонеса от скифов и сарматов в Херсонесской крепости появляется тысяча римских легионеров, пятьсот – в крепости Харакса, а в гавани – корабли Мезийской эскадры. Кроме центуриона, возглавлявшего римский гарнизон, в Херсонесе находился военный трибун I Италийского легиона, руководивший всеми римскими войсками в Таврике и Скифии. В юго-восточной части Херсонесского городища, в городской цитадели, обнаружен фундамент