О поездке на Святую землю Гоголь не любил вспоминать и не советовал ехать туда А.О.Смирновой: «…потому что комфортов совсем нет».
После путешествия Гоголь сразу же уехал в родную Васильевку. По словам сестры Ольги, поездка в Иерусалим не только ничего не дала брату, но и подорвала здоровье. Вторая сестра, Елизавета, записала в своем дневнике: «1848г. 9 мая, именины брата. Как он переменился! Такой серьезный сделался; ничто, кажется, его не веселит, и такой холодный и равнодушный к нам». Имениннику было тридцать девять лет.
Свое отношение к религии Гоголь выразил в восьмом письме «переписки с друзьями» под заглавием «Несколько слов о нашей церкви и духовенстве». В нем автор затрагивает вопросы взаимоотношения церкви и государства, каковой должна быть настоящая церковь и ее служители: «Церковь наша должна святиться в нас, а не в словах наших. Мы должны быть церковь наша и нами же должны возвестить ее правду… Замечание, будто власть церкви оттого слаба, что наше духовенство мало имеет светскости и ловкости обращенья в обществе, есть такая нелепость, как и утверждение, будто бы духовенство у нас…связано в своих действиях с правительством»… Далее касается облика и одежды священников. «Одежда их прекрасна и величественна. Это не бессмысленное, оставшееся от осьмнадцатого века рококо и не лоскутная, ничего не объясняющая одежда римско-католических священников. Она имеет смысл: она по образу и подобию той одежды, которую носил сам спаситель». Это взгляд писателя с высоты своей колокольни.
У Белинского взгляд на религию был иной, атеистический. В резком письме к Гоголю, он обвинил церковь за то, что «…всегда была опорою кнута и деспотизма…, поборницей неравенства, льстецом власти…» и дальше критик спрашивал автора: «Про кого русский народ рассказывал похабную сказку? Про попа, попадью, попову дочку и попова работника… По-Вашему, русский народ самый религиозный в мире: ложь!… русский человек произносит имя божье, почесывая себе задницу… Приглянитесь пристальнее, и Вы увидите, что по натуре своей глубоко атеистический народ. В нем еще много суеверия, но нет и следа религиозности». Это было ощутимым ударом по религиозному воззрению Гоголя и одним из главных пунктов его расхождения с критиком.
Среди духовных лиц, поддержавших Гоголя в минуты отчаяния и сомнений, был архимандрит Федор Бухаров, который разгадал замысел второго тома «Мертвых душ». Ему удалось между строк прочесть то, что другие читатели и критики пропустили мимо – «воскрешение» мертвых душ и возврат их к духовной жизни. Не зря же в последние часы своей жизни писатель записал: «Мертвые, будьте живыми».
В поисках истины Гоголь трижды посетил старцев Оптиной Пустыни: два раза в июне 1850 года и затем в сентябре