Успех Сагайдачному в его походах способствовал еще и благодаря внедрению им в Войске Запорожском строжайшей дисциплины, что позволило эффективно управлять всеми подразделениями в бою. Для этого он не останавливался перед самыми суровыми мерами – так, во время морских походов категорически запретил употреблять крепкие напитки, и нарушители могли заплатить жизнью за ослушание.
На следующий год Сагайдачный вновь осуществил удачный поход на Крымское ханство. Несмотря на то что турки знали о походе и заранее направили в Черное море военные корабли, они не смогли противостоять чайкам Сагайдачного и были разбиты под Очаковом. Запорожцами были взяты и сожжены Очаков и Перекоп, что еще более укрепило влияние и популярность кошевого атамана на Сечи.
Воинские способности кошевого атамана были оценены казаками и старшиной весьма высоко – в 1607 г. (это наиболее вероятная дата, хотя в исторической науке по этому вопросу нет единого мнения) он, с согласия запорожцев, провозглашает себя гетманом «обеих сторон Днепра и всего Войска Запорожского».
Уже в качестве гетмана Сагайдачный продолжает свои морские походы, что становились все более серьезной проблемой для Блистательной Порты.
В конце 1608 – начале 1609 г. под его командованием запорожцы на чайках дошли до Дуная, где успешно действовали на подступах к Килии, Белгороду и Измаилу. Особо отметим взятие Перекопа десантом запорожцев. Несмотря на яростное сопротивление гарнизона из янычар, десантная операция и штурм крепости были проведены гетманом безукоризненно.
В 1610 г. запорожцы под командованием Сагайдачного вновь атаковали эти сильные крепости, а также крепости Облучи и Новосидло.
Спустя два года гетман нанес сильные удары по османам с моря – крупными силами он провел штурм Гезлева, Бабадага, Варны и Месемврии. В конце этого же года гетман вместе с донскими казаками взял штурмом Гезлев.
На следующий год – очередной успех. Кроме уже ставших привычными победных походов на турецкое побережье, Сагайдачный разбил в устье