На Кипре как братья Ордена, так и их ближайшее окружение, дали показания суду, которые заключались в утверждении, что на тамплиерах нет никакой вины. Король Амори, получивший трон благодаря Ордену, не спешил его преследовать. Однако вскоре он был убит, престол вернулся к врагу тамплиеров Генриху ІІ, после чего немедленно начались пытки тамплиеров, многие из которых погибли при допросах, продолжая заявлять о своей невиновности.
Достаточно серьёзным был процесс против Ордена тамплиеров в Англии. В конце концов, король Эдуард ІІ был зятем французского короля, затеявшего эту вендетту против Ордена. Король Филипп послал письма соседним монархам с рекомендацией последовать его примеру, и когда рекомендация французского короля была поддержана письмом от Папы Римского, Эдуард отбросил колебания. 9 января 1308 года был арестован глава английских тамплиеров, а вскоре и все братья Ордена на территории Англии были арестованы. Пока к ним не применялись пытки, они отпирались, но как только за дело взялись папские инквизиторы, появились и признания. Но в отличие от Франции, никто не пошёл на костёр. Признавшимся всего лишь пришлось принести публичное покаяние. Тем же, кто продолжал утверждать, что невиновен, досталось пожизненное заключение.
Но стояла ли за обвинениями против Ордена хоть капля правды? В 2001 году тамплиеры внезапно оказались в фокусе внимания средств массовой информации. В архивах Ватикана был обнаружен так называемый «шинонский пергамент», протокол встречи посланцев Папы Римского, кардиналов католической церкви, с Жаком де Молэ в августе 1308 года, когда он находился в заключении в Шато де Шинон, в Шинонском замке. Этот документ подтвердил, что брат Жак де Молэ действительно был принуждён к признанию своей вины под пытками. Тем не менее, он добровольно признался кардиналам в некоторых ересях, включая отрицание Христа как Спасителя. Кардиналы выслушали его исповедь и отпустили ему его грехи. Документ пролежал почти семьсот лет в архивах папской канцелярии. Хотя во многих средствах массовой информации его называли доказательством невиновности тамплиеров, похоже, в реальности дело обстояло сложнее.
Стоит напомнить, что обвинения в отрицании Христа, содомии и идолопоклонстве были на тот момент стандартными обвинениями, выдвигавшимися в отношении еретиков в течение столетий. Незадолго до дела тамплиеров подобные же обвинения выдвигались против катаров-альбигойцев и вальденсов.