На какой-то миг показалось, что план Филиппа может не сработать. Король удвоил усилия. По всему королевству звучали проповеди об ужасных грехах рыцарей Ордена, король направил 72 покаявшихся тамплиера к Папе Римскому, чтобы они лично засвидетельствовали всю бездну грехопадения Ордена. Король объявил Папе (находившемуся фактически под домашним арестом в Пуатье, на территории королевства), что если тот не выступит решительно против Ордена и в защиту церкви (Филипп явно примеривал на себя одежды своего деда, святого Людовика), то можно ведь поднять вопрос о том, отвечает ли нынешний Папа строгим требованиям его высокой должности. Уговоры были подкреплены действием. Судебный процесс против Ордена начался 11 апреля 1310 года. Пятьдесят четыре тамплиера, которые ранее отказались от своих признаний в грехах, 12 мая 1310 года были сожжены на костре как еретики, вновь впавшие в ересь. Что же до двоих тамплиеров-юристов, то они просто исчезли из королевской темницы. Де Молэ, раздавленный такой жестокостью, отказался от своего предыдущего отказа и подтвердил правдивость обвинений.
Уступив давлению со стороны короля Филиппа, и просто желая поскорее закончить всю эту затянувшуюся кровавую кашу, Папа Римский Климент в марте 1312 года издал эдикт, в котором приказал распустить Орден Бедных рыцарей Христа и Храма Соломона. Эдикт, однако, ничего не говорил о вине рыцарей Ордена. Кроме того, к большому негодованию французского монарха, следующий эдикт Папы передавал имущество тамплиеров Ордену госпитальеров. Наконец, папская булла Considerantes Dudum («Учитывая недавнее») указывала, что каждая провинция католической церкви имеет право поступать с тамплиерами так, как считает необходимым. Де Молэ и трое других высших руководителей Ордена тамплиеров оставались в заключении, ожидая решения церкви о своей судьбе.
Через два года, 18 или 19 марта 1314 года, комиссия из трёх кардиналов католической церкви приговорила де Молэ и других высших руководителей Ордена тамплиеров к пожизненному заключению. Обвиняемые выслушали его, стоя на возвышении