Должность гаонов Эрец Исраэль, как правило, передавалась по наследству. В 520 г. ее занял выдающийся законоучитель и политик Мар-Зутра III, сын возводившего свою родословную к царю Давиду экзиларха евреев Вавилонии Мар-Зутры II, восставшего против персов. Потомки Мар-Зутры занимали должность гаонов Эрец Исраэль на протяжении нескольких поколений.
Правление гаонов было бурным периодом в истории Эрец Исраэль, на который пришлись многочисленные вторжения иноземных завоевателей и вооруженные восстания иудейского и самаритянского населения против них.
Усиление религиозных гонений со стороны христиан привело к тому, что в 485 г. произошло мощное восстание самаритян, возглавленное неким Юстой. Восставшим удалось освободить от византийского владычества Самарию и ряд прилегающих районов. Юста был провозглашен царем возрожденного Израильского царства. Однако спустя несколько месяцев византийцам удалось нанести поражение самаритянам. Царь Юста был схвачен и казнен.
Непрекращающиеся притеснения со стороны византийских завоевателей привели к новому восстанию самаритян, вспыхнувшему в 529 г. и имевшему еще большие масштабы. Возглавивший его и провозглашенный царем Израиля Юлиан бен Цабар не ограничился освобождением Самарии, а двинулся дальше на юг. Самаритяне взяли Бейт-Лехем (Вифлеем) и разрушили главную святыню христиан – церковь Рождества. После этого к восстанию примкнули и иудеи. При их поддержке Юлиану бен Цабару удалось взять Хеврон. Сосредоточив в Эрец Исраэль огромные воинские силы, византийцам удалось нанести поражение еврейским повстанцам. Юлиан бен Цабар погиб, а остатки его бойцов бежали на восток, рассчитывая на помощь персов[17].
Подавление восстаний 485 и 529 г. стало прелюдией к беспощадным религиозным гонениям против евреев, как самаритян, так и иудеев. Наряду с антиеврейским законодательством и репрессивными мерами власти проводили политику вытеснения евреев из многих районов Эрец Исраэль. Это привело к новому восстанию самаритян и иудеев, произошедшему в 566 г.
Вторжение персидских войск в Эрец Исраэль в 614 г. пробудило мессианские надежды еврейского народа. Население Галилеи восстало. Во главе восставших встал некий Нехемия бен Хушиэль[18], которому удалось не только установить контроль над Центральной и Восточной Галилеей, где преобладало еврейское население, но и захватить город Акко, населенный в основном христианами. При активной поддержке еврейских повстанцев персы двинулись на Кесарию, продолжили наступление вдоль побережья Средиземного моря, а затем через Лод вышли к Иерусалиму. Еврейские воины участвовали в штурме Иерусалима в мае 614 г. Овладев Иерусалимом,