Среди обителей, основанных по благословению преосвященного Ионы: Котельничский Введенский девичий монастырь (1676), Кобрский (Закобрский) Введенский (1678), Пышакская Раифская пустынь (1691/92), Соликамский Преображенский женский (1687). При нем впервые упоминаются Оханная пустынь преп. Зосимы и Савватия Соловецких (1678), Кайгородский Спасский монастырь (1678), Сырьинская (Сырьянская) Сретенская пустынь (1678). При этом в новых монастырях святитель Иона стремился утвердить принципы общежительства, которые к тому времени были утрачены многими обителями.
Труды святителя Ионы по устроению монашеской жизни принесли добрые плоды. Одним из них стало появление целой чреды монахов-подвижников, среди которых архимандрит Александр, более трех десятков лет возглавлявший Трифонов монастырь; келарь того же монастыря Илья (Семакин), участвовавший в создании трех обителей; старец Игнатий, основавший в 1676 году Введенский монастырь на реке Кобре, которого высоко почитали современники. Не последнюю роль в этом оказал личный пример святителя Ионы, его высокий духовный настрой и безупречная жизнь (13, С. 72—82; 26).
Сроднившись с Вятским краем, преосвященный Иона принял в свое сердце и его святыни и, особенно, Нерукотворный образ Спасителя, с которым ежегодно хлыновцы обходили свой город крестным ходом. Примечательно, что первый, по времени, из дошедших до нас документов владыки – «Соборное изложение о праздновании пятой недели Великого поста от 13 марта 1675 г.», посвящен почитанию чудотворной иконы Хлыновского Спаса – Нерукотворного образа Спасителя. Ознакомившись с этой традицией, святитель Иона велел хранить ее «братии нашей, впредь будущим архиереом, со освященным собором, со всеми православными христианы, по вся лета неотложно и непременно, в род и род» (3, С. 34).
Такую же заботу владыка проявлял и по отношению к Великорецкому образу святителя Николая, для которого, по благословению преосвященного Ионы, при Кафедральном соборе был устроен особый придел, а также создана новая редакция «Повести» о чудотворной иконе, которая благодаря своим «хождениям» в Москву получила известность далеко за пределами Вятской земли (27, С. 35).
За свои труды в апреле 1682 г. преосвященный Иона был возведен в сан архиепископа (14, С. 215; 28, С. 37).