К приезду владыки Ионы, созданная в 1657 г. епархия не имела ни Архиерейского дома, ни кафедрального собора. Все церкви были деревянными и часто страдали от городских пожаров. Поэтому, приступив в 1676 г. к строительству Кафедрального храма в честь Святой Троицы, святитель Иона решил возвести его в камне, тем самым, положив начало каменному зодчеству на Вятской земле.
Новое дело потребовало новых сил и ресурсов. В г. Хлынов были приглашены московские мастера и среди них «подмастерье каменных дел» Аверкий Мокеев, ранее принимавший участие в возведении построек в Валдайском и Ново-Иерусалимском монастырях (14, С. 213, а также РГАДА. Ф. 1193. Оп. 1. Д. 3. Л. 530). Построены кирпичный и колокололитейный заводы (15, С. 474). Чтобы обеспечить стройку всем необходимым, преосвященный Иона провел ревизию церковных владений и добился возвращения епархии земель и угодий, незаконно отторгнутых от нее в прежние годы, что вызвало неудовольство воеводы, но было, как воздух, необходимо для будущего епархии (14, С. 214).
Однако начавшиеся работы были омрачены бедствием, по своему размаху сравнимо с моровой язвой. В воскресенье 3 августа 1679 г. в Хлынове случился страшный пожар, в результате которого, по словам составителя «Времянника», «церкви святые все, и монастыри оба, и весь посад сгорели без остатку» (1, С. 59). В считанные часы город превратился в пепелище. Однако ни преосвященный Иона, ни хлыновцы не отчаялись и со временем смогли возродить свой город, украсив его дивными каменными храмами.
В 1683 г. был завершён строительством и освящён Свято-Троицкий кафедральный собор; в обители прп. Трифона возведены храм Успения Божией Матери (1689) и Никольская надвратная церковь (1695); в женском монастыре – храм Преображения Господня (1695) (1, С. 60—65; 14, С. 213; 15, С. 474). При этом святитель Иона распорядился перенести Воскресенскую церковь из Кремля на посад с таким расчетом, чтобы возрожденные «господские» храмы в честь Богоявления, Преображения, Воскресения и Вознесения Господня располагались вокруг каменного Спасского собора, возведенного в 1690 г. на «торгу» – главной городской площади. Так, чтобы жители могли видеть их на все четыре стороны. Подобно тому, как праведники в Царстве Небесном, куда бы они не обратили свой взор, везде будут видеть Лик Господа (25, С. 20—30).
Всего по благословению преосвященного Ионы были возведены 22 церкви (26). Н. Е. Завойская приводит следующие данные: «Причт церквей Хлынова в 1678 г. составляли 62 священно-церковнослужителя. Штат архиерейского дома включал двух приказных, дьяка, двух стряпчих, 7 подьячих, 14 детей боярских, 7 певчих и 22 служебника. Дворы приказных и домовых людей епископа располагались на посаде. Первыми среди приказных названы родной брат архиерея Роман Алексеев сын Тухаринов и, судя по фамилии, родственник Феоктист Яковлев сын Тухаринов. Вятский архиерейский дом имел подворье