Саманиды тоже опирались на тюркскую гвардию, которая в конце концов вышла из повиновения и погубила собственных хозяев. Уже при сыне Нуха, Абд аль-Малике, власть почти полностью перешла к гвардейцам. Во главе государства встал начальник гвардии Алп-Тегин, управлявший финансами и назначавший вазиров. После смерти Абд аль-Малика, неудачно упавшего с лошади, всесильный тюрок поставил на трон его маленького сына Насра Третьего. Но тот правил всего один день: соперничавшая партия гулямов выбрала эмиром брата Нуха, Мансура Первого, которому удалось сместить Аль-Тегина и изгнать его из страны.
При следующем эмире, Нухе Третьем, талантливый вазир аль-Утби попытался восстановить страну, но был убит военными. С этого дня династия стремительно покатилась в пропасть. Летописец сухо сообщал, что «большая часть областей находится во власти мятежников, доходы сократились, солдаты притесняют жителей, приказы вазиров не исполняются, а господство перешло в руки тюрок».
В 992 году с севера вторглись степные кочевники племени ягма, которых позже назвали Караханидами. Авторитет власти к тому времени упал так низко, что военачальник Саманидов перешел вместе с армией на сторону врага. Одновременно с юга ударили эмиры Газны. Мансур Второй попытался выправить положение, но после двух лет правления был свергнут и ослеплен. Размеры государства Саманидов сократились до Бухары и ее окрестностей, однако и они продержались недолго: в 999 году караханидский эмир Наср-хан захватил столицу, почти не встретив сопротивления. Последнего саманидского эмира Абд аль-Малика взяли в плен и увезли в крепость в столицу Караханидов – Узгенд.
Казалось, все было кончено, но тут на политической сцене появился новый герой – Исмаил, брат Абд аль-Малика Заточенный вместе с братом в тюрьму, он сумел влюбить в себя одну из местных рабынь и сбежал с ее помощью из крепости. Перебравшись в Хорезм, Исмаил собрал вокруг себя остатки саманидской армии и снова отбил у Караханидов Бухару. Закрепить этот успех ему не удалось: под ударами караханидских войск Исмаил отступил, но взамен захватил цветущий Нишапур, откуда его вскоре выбили уже Газневиды. Наконец, потеряв в боях почти всю армию, Исмаил бежал в степи Сырдарьи, где сколотил новое войско из местных кочевников, которых ему каким-то чудом удалось привлечь на свою сторону. С этой полудикой ордой он еще дважды разбил Караханидов, пока в последней битве удача не изменила ему окончательно. Потерпев поражение, он бежал в Хорасан и несколько месяцев скитался в пустыне среди бедуинов, все еще пытаясь собрать своих сторонников. В конце концов, Газневиды разыскали и убили его в какой-то хижине, где он остановился на ночлег.
Наследники персов
Приход к власти Саманидов стал своего рода реваншем Персии против арабов. Саманиды считали себя потомками иранских царей