Японские власти не были готовы к такому повороту событий – никогда в этой стране не происходило никаких террористических актов. Но вскоре вспомнили о так и не раскрытом инциденте в префектуре Нагано в 1994 году. Тогда от отравления непонятно каким образом взявшимся в жилых кварталах газом сходного состава погибло 7 человек, а неподалеку была обнаружена брошенная подпольная химическая лаборатория со следами экспериментов с отравляющими веществами, и зарином в том числе. К тому времени с организацией «Аум Синрикё» уже было связано несколько скандалов, вызванных волной непонятных смертей и самоубийств среди ее адептов. Секту также подозревали в похищении и убийстве токийского адвоката Цуцуми Сакамото, который был председателем «Ассоциации жертв Аум Синрикё» и имел достаточное количество материалов не в пользу секты, и членов его семьи. Всплыли на поверхность и упоминание Асахарой в одной из проповедей о зарине, малоизвестном в Японии, и его довольно-таки навязчивые предсказания о скором конце света. 22 марта 1995 года полиция получила санкцию на «силовой обыск» в 25 опорных точках, принадлежавших «Аум Синрикё», в котором были задействованы 2,5 тыс. полицейских и спецотряды по борьбе с терроризмом. В ходе операции в одном из зданий секты было обнаружено около 50 человек в состоянии комы и с признаками дистрофии, во многих точках были изъяты документы и разнообразные вещественные доказательства, подтверждающие проведение химических экспериментов и изготовление опасных веществ: десятки канистр с реактивами, использовавшимися для производства и транспортировки зарина, противогазы и спецодежда химической защиты. Также в ходе обыска здания выяснилось, что «Аум Синрикё» занималась и бактериологическим оружием – в нем обнаружили около 500 книг по биохимии, в том числе руководства по культивированию бактерий, инкубационные установки, питательные «бульоны» с бактериями, способными вырабатывать ботулизм. Помимо всего этого, были найдены картонные коробки с наличностью в сумме более 7 млн долларов и золото в слитках. По некоторым данным, материалы и оборудование для производства зарина и других опасных веществ поставлялись из России, существуют также свидетельства того, что на одном из полигонов российского спецназа группа членов «Аум Синрикё» проходила огневую подготовку.
Через несколько дней после массовых обысков было совершено покушение на начальника японской полиции Кодзи Кунимацу, который возглавлял особую комиссию по расследованию террористического акта в токийском метро и 22 марта отдал приказ о начале широкомасштабного обыска во владениях «Аум Синрикё». Стрелявший в него благополучно скрылся с места происшествия. Сразу после покушения японские власти отдали распоряжение о задержании всего руководства организации «Аум Синрикё», и в первую очередь