Судебный процесс по делу Сёко Асахары продолжался в течение восьми лет. Всего перед судом предстали 189членов секты, 11из которых были приговорены к высшей мере наказания. Асахаре было предъявлено обвинение в 17 преступлениях, в том числе в похищении и убийстве людей, а также в организации двух террористических актов с применением отравляющего газа – в Токио и префектуре Нагано. Его адвокаты всеми средствами пытались убедить суд снять обвинения, доказать, что Асахара осуществлял только миссию духовного руководителя, а теракт – дело рук рядовых членов «Аум Синрикё», и даже списать организацию теракта 20 марта на убитого Хидэо Мураи. Сам же главный обвиняемый ко всему происходящему относился с полнейшим безразличием. По свидетельствам участников процесса, он «либо смотрел с отсутствующим взглядом в одну точку, либо тихо бормотал себе под нос какие-то бессвязные фразы, либо засыпал прямо на скамье подсудимых».
Приговор лидеру «Аум Синрикё» был вынесен в Токио 27 февраля 2004 года. У здания окружного суда собралась более чем четырехтысячная толпа родственников и друзей жертв теракта 20 марта, тщетно пытаясь прорваться в зал заседаний, рассчитанный всего на 36 мест. Обвинительная речь прокурора заняла четыре часа. Приговор судьи звучал так: «Он обвиняется в попытке стать правителем Японии путем создания секты “Аум Синрикё”, вставшей на путь вооруженной борьбы. Он обвиняется в убийствах людей, пытавшихся противостоять его заговору. Он заслуживает высшей меры». Сёко Асахара слушал стоя, безразлично глядя в одну точку, казалось, что в своих мыслях он где-то очень далеко и не ему сейчас выносят смертный приговор, который осуществляется в Японии через повешение.
Адвокаты Асахары подали апелляцию в Верховный Суд Японии, и не исключена вероятность замены смертной казни пожизненным заключением, но, учитывая отношение к организатору самого масштабного теракта в Японии его сограждан, эта вероятность ничтожно мала. Сейчас «Преподобный учитель» ожидает в тюрьме окончательного вердикта, но, если судить по его поведению, ему все равно, каким он окажется.
Несмотря на запрет деятельности «Аум Синрикё», разговоры о зомбировании ее членов психотехническими и гипнотическими методами воздействия на личность верующих под видом религиозных обрядов и смертный приговор, вынесенный Асахаре, организация продолжает свое существование и насчитывает около 30 общин по всей Японии. Ее ряды заметно поредели, она сменила название на «Алеф», не афиширует, как раньше, свою деятельность,