Весну и лето 1992 года студент-юрист провел в Риге по заданию секретной службы Натив – Бюро по связям с евреями в Советском Союзе при Канцелярии премьер-министра Израиля. Спецслужба была основана в начале 1950-х годов и выработала свою независимую разведывательную и оперативную политику. Деятельность Натива неоднократно вызывала недовольство и подозрения со стороны российских властей. Так, например, в июне 1996 года работник Натива Даниэль был уличен в занятии, несовместимом с его дипломатическим статусом (незаконном приобретении секретных спутниковых фотоснимков), арестован и выслан из страны.
Потом, после убийства премьера, израильские власти заявили, что Амир преподавал в Риге иврит в течение пяти месяцев. Этой версии не поверили, поскольку у него не было педагогического образования. Тогда министр полиции Моше Шахаль объяснил, что Игаль проходил курс учебы телохранителей. Так или иначе, правительству совсем не нравились спекуляции по поводу связей террориста с секретным Нативом. Пресс-секретарь Канцелярии премьер-министра Ализа Горен заявила на пресс-конференции: «Амир никогда не был в Риге, и всякий, кто говорит, что он был там, проявляет полную безответственность». Но эта хитрость была разоблачена после того, как телекомпания Би-би-си взяла интервью у семьи Игаля Амира и сняла на пленку его паспорт, в котором стоял штамп «СССР».
Сам Игаль рассказывал на суде о рижской поездке так: «Деятельность Бюро по связям (Натива) уже не была такой секретной. Там нужны были люди для организации сионистской деятельности, преподавания иврита и других вещей. Они обратились к моему армейскому подразделению, чтобы им прислали людей. Каждые два месяца люди менялись. Я поехал с моим товарищем, Авиноамом Эзером. Когда мы приехали туда, они работали с пятнадцатилетними подростками, хотели убедить их уехать в Израиль. Я думал, что они не правы, и что лучше работать со студентами. Я надел на голову кипу, пошел по улицам и нашел их. Я начал по-настоящему привлекать всеобщее внимание – йеменит с кипой. В итоге у меня подобралась группа человек в сто. Это был огромный успех». Не исключено, что Амир имел какое-то небольшое секретное задание. Он был обучен технике организации и работы с группой и вернулся из Риги другим человеком, а может быть, и с миссией,