перегруппированные в пять колонн они составили каре длиною 300 метров по фронту и 50 метров вглубь. Внутри строя находилась кавалерия, а по флангам – артиллерия. Такую же перегруппировку сделал и маршал Ренье.
Сам Бонапарт находился в дивизии Дюбуа. Она заняла позиции между колоннами Дезе и Нилом, отрезая противника одновременно и от Эмбабе, и от реки. Такое расположение дало возможность открыть огонь из орудий в тыл мамелюкам. Вскоре, по словам А. Иванова, «пустынная равнина, покрытая редкими пальмами, стала ареной легендарного и экзотического боя, в котором стойкость и выучка солдат революционной Франции взяли верх над первобытным фанатизмом всадников Аллаха». Яростная схватка с арабской кавалерией продолжалась около часа. За это время поле сражения сплошь покрылось телами убитых и раненых. Некоординированные действия мамелюкских всадников не принесли им желаемых результатов: все их наскоки разбились о несокрушимые французские каре. В результате Мурад-бей был вынужден с тремя тысячами всадников отступить к Гизе по дороге в Верхний Египет. Оставшиеся за пределами каре мамелюки попытались укрыться в укрепленном лагере, но его атаковала дивизия Бона, а захват генералом Рампоном рва и дамбы прервал сообщение между Эмбабе и Гизой, отрезав арабам путь для отступления. Видя разгром своей кавалерии, арабские пехотинцы вышли из боя и бросились к Нилу, чтобы на небольших лодках или вплавь перебраться на другой берег. Часть из них спустилась по левому берегу реки и в сумерках разбежалась по пригородам Каира.
Пока шла битва на суше, французский речной флот, значительно уступавший египетскому по численности, медленно поднялся по Нилу. На его суда подняли больных и раненых легионеров, а также тех, «которые не носили оружия… и не могли быть полезными в сражениях, и на лошадях коих можно было посадить несколько человек». Моряки сражались бок о бок с пехотинцами, особенно проявив себя в рукопашной схватке.
На следующий день Мурад-бей несколько раз пытался атаковать французские позиции. Он надеялся восстановить связь со своим укрепленным лагерем и облегчить отход тем, кто в нем остался. Но когда командир мамелюков понял, что сделать это уже невозможно, то приказал поджечь собственный флот, а сам ушел в Верхний Египет. Битва за Каир унесла немало жизней: потери египтян составили около 10 тысяч убитыми, ранеными, утонувшими и плененными. Они лишились всех своих пушек. Французы же потеряли всего 300 человек.
24 июля Наполеон торжественно вошел в Каир. С этого времени в течение трех лет над древними пирамидами Египта развевались трехцветные знамена Французской Республики, а жизнь египетской столицы была подчинена новому политическому режиму. Характеризуя организацию управления в завоеванной французами стране, академик Е. Тарле писал: «…во-первых, власть должна была быть сосредоточена в каждом городе,