К вечеру 2 июля после нескольких часов перестрелки и дерзких атак, проведенных под руководством генералов Мену, Клебера и Бона, Александрия была взята. Во время ее штурма погибли 15 человек и 60 были ранены, в том числе и генералы Мену и Клебер.
О дальнейших шагах Наполеона можно узнать из рассказов очевидцев, в частности Бертье: «Как только Бонапарт сделался владетелем Александрии, так приказал транспортные суда ввести в порт города и приступить к выгрузке лошадей, амуниции и других предметов, на них находящихся». Затем последовала «продолжительная и трудная выгрузка с военных судов артиллерии», поскольку те не могли войти в порт и остановились на расстоянии от него.
Несмотря на сопротивление, оказанное французским войскам, город разграблен не был. Бонапарт, вообще считавший, что «грабеж обогащает немногих, бесчестит всех, уничтожает ресурсы и делает нашими врагами тех, чье благорасположение нам нужно», тем более не мог допустить осквернения любимого детища Александра Великого. У него были большие виды на этот город, который, по его мнению, при правильном управлении может достичь блестящего расцвета, что оставит далеко позади такие крупнейшие центры, как Париж, Лондон, Рим и Константинополь.
Во время пребывания в Александрии Наполеон занимался решением административных проблем и созданием системы управления. Обо всем этом А. Ю. Иванов пишет следующее: «Он быстро договорился с местными арабскими племенами. Их вожди подписали договор, по которому обязались держать открытой дорогу из Александрии в Даманхур для армии и отдельных лиц, представить в 48 часов 300 лошадей по цене в 240 ливров за животное и 500 дромадеров (одногорбых арабских верблюдов) по цене в 120 ливров, сдать в наем тысячу быстроходных верблюдов с погонщиками и вернуть взятых в плен французов. Бонапарт разделил с вождями трапезу и выдал задаток. Он провел в Александрии почти неделю и поручил шейхам и именитым гражданам “управление и суд”».
Захватив Александрию, Наполеон вторгся во владения египетских мамелюков (мамлюков) и решительно потревожил периферию Оттоманской империи, каковою в то время являлся Египет. Но если турецкий султан отнесся к его экспедиции терпимо, то мамелюки, характеризовавшиеся современниками как люди «жадные, безбожные и мятежные», отдавать свою власть пришельцам не желали. Они и Порте подчинялись лишь формально. Мамелюки (что в буквальном переводе означало «невольники») поначалу были воинами-рабами, из которых в XIII веке состояла гвардия египетского султана. В 1250 году они свергли династию Айюбидов и основали свою – династию мамелюкских султанов, которая правила Египтом до завоевания его турками.