Прибыв к мальтийским берегам, генерал Бонапарт сразу потребовал от властей острова сдачи крепости Лa-Валетты. Главной причиной для захвата он назвал то, что Мальта отдалась под покровительство российского императора Павла – врага Франции, и это якобы «оскорбляло римско-католическую религию и клир».
Великий магистр ордена, португалец Гомпеш, настроенный проавстрийски, оказавшись в затруднительном положении, созвал совет. В его распоряжении находилось всего лишь 332 способных драться рыцаря, 3600 человек в гавани и 13 тысяч добровольцев. Этого было, конечно же, слишком мало для того, чтобы противостоять 38-тысячной Восточной армии Наполеона. Присутствовавшие на совете высказали разные точки зрения. Одни считали, что надо объявить тревогу и, поскольку у них есть неплохой арсенал и запас продовольствия на три года, упорно сопротивляться. Другие напоминали магистру, что их орден призван вести войну с турками, а не с христианами, и предлагали сдаться Наполеону. Этой точки зрения придерживался и командор, овернец Буаредон де Рансюэ, который прямо заявил, что не поднимет оружие против родной Франции. Но его вместе с другими французскими рыцарями арестовали и отправили в тюрьму. А те, кто решил сопротивляться захватчикам, взялись за оружие и распределились по островам, батареям и башням.
Тем временем Бонапарт потребовал пропустить корабли в порт и снабдить их пресной водой. Получив отказ, он высадился с отрядом в три тысячи человек между городом Ла-Валеттой и бухтой Святого Павла. Утром 11 июня 1798 года начался штурм городской крепости. Ее защитники поначалу упорно отстреливались и даже сделали отчаянную вылазку. Но большая часть рыцарей все же не захотела сражаться с французским войском. Поскольку силы противников были неравными, мальтийцы вынуждены были пойти на переговоры. Вот что пишет об этом автор книги «Тайны египетской экспедиции Наполеона» А. Ю. Иванов: «Ранним утром следующего дня представители великого магистра явились на борт «Ориона» с полномочиями, необходимыми для заключения соглашения о капитуляции. Во главе их был командор Буаредон де Рансюэ, освобожденный из тюрьмы (после чего, по словам Наполеона, народ носил его на руках, как триумфатора)».
После сдачи на милость победителю над Ла-Валеттой взвился французский флаг и остров был объявлен владением Французской Республики. Бонапарт подытожил это событие громкой фразой: «Я смел взять, и я взял». Он тут же упразднил Мальтийский орден, выслал с острова его членов и изъял принадлежавшие ему сокровища. По словам А. Иванова, «Бонапарт поступил с островом так, как он позднее будет обходиться со многими державами, городами и островами». За считаные дни он ввел на Мальте гражданский кодекс, отменил рабство, освободил всех турецких невольников, ликвидировал все феодальные права и привилегии, сформировал