1 сентября 1918 года «Известия ВЦИК» сообщили: «Из предварительного следствия выяснено, что арестованная, которая стреляла в товарища Ленина, состоит членом партии правых социалистов-революционеров черновской группы. Она упорно отказывается давать сведения о своих соучастниках и скрывает, откуда получила найденные у нее деньги… Из показаний свидетелей видно, что в покушении участвовала целая группа лиц, так как в момент, когда тов. Ленин подходил к автомобилю, он был задержан под видом разговоров несколькими лицами. При выходе был устроен затор публики. Принимаются все меры к выяснению всех обстоятельств дела. Задержано несколько человек». Действительно по делу о покушении были арестованы и доставлены в ВЧК для допроса 14 человек. Всех их затем оправдали и освободили.
В следственном деле есть показания 17 свидетелей. Однако ни один из них категорически не смог утверждать, что в Ленина стреляла Каплан. Хотя все они заявляли, что стреляла женщина. Но ведь первый вопрос, который задал после покушения Владимир Ильич своему водителю, был таким: «Его поймали?» Возможно, он видел, что в него стрелял мужчина? Как ни странно, но никто из свидетелей не запомнил и лица преступницы или преступника…
После первых допросов на Каплан перестали смотреть как на организатора покушения. Это вытекало из содержания вопросов, которые ей задавали. Однако ее упрямо выставляли террористкой-одиночкой. Вполне возможно, что она не стреляла, но также возможно, что она действительно участвовала в этом деле. Только роль ее была иной. Скорее всего Каплан должна была отслеживать перемещения Ленина в тот день, чтобы знать наверняка, будет ли выступать он на митинге, и передать сообщение исполнителям. По собственным показаниям Фанни, она приехала «на митинг часов в восемь». Именно тогда многочисленные свидетели и видели эту странную, а потому легко запоминающуюся женщину. Но кто же являлся организатором теракта? Следствие на этот вопрос ответа не дало. 31 августа был проведен последний допрос Каплан на Лубянке.
Утром 3 сентября на Лубянку явился комендант Кремля П. Мальков с предписанием перевести Ф. Каплан в полуподвальную комнату Кремля, тщательно охраняемую латышскими стрелками. А через несколько часов секретарь ВЦИК Аванесов вручил Малькову постановление ВЧК о расстреле Каплан и сказал ему, что это нужно сделать немедленно. Было принято решение произвести расстрел в тупике двора Автоброневого отряда. Приговор привели в исполнение в четыре часа дня 3 сентября 1918 года. Но после этого встал вопрос о том, что делать с телом расстрелянной? За ответом на него обратились к Я.