Более обстоятельное изучение всех обстоятельств дела о покушении на В. И. Ленина началось только в 90-х годах XX века. 19 июня 1992 года Генеральная прокуратура России по заявлению ульяновского писателя Авдонина и с учетом большого общественного интереса к этому делу начала проверку обоснованности расстрела Фанни Каплан. Она длилась четыре года и была закончена в 1996 году, но на многие вопросы следствие так и не смогло дать убедительного ответа. Например, установлено, что выстрелы были действительно произведены из семизарядного браунинга, найденного на месте преступления. В его патроннике оставалось четыре патрона, то есть из него было произведено три выстрела. Но тогда непонятно, каким образом на месте преступления оказались четыре стреляные гильзы. Значит, стрелявших было двое? Шофер Ленина в одних показаниях говорит, что опознал в покушавшейся Ф. Каплан, в других – что видел только женскую руку с браунингом после первого выстрела. Но была ли это рука Каплан? Помощник военного комиссара С. Н. Батулин тоже оставил противоречивые показания. Из них непонятно, где он задержал террористку – то ли во дворе завода, то ли на Серпуховке, то есть в действительности никто из дававших показания не видел покушавшегося, а сам Ленин, как свидетельствует его вопрос, видел, что стрелял мужчина.
Мало кому известно, что с 8 июня по 7 августа 1922 года в Колонном зале Москвы проходил судебный процесс над правыми эсерами, который проводил Верховный революционный трибунал РСФСР. О нем подробно поведали 92 тома судебных материалов, недавно рассекреченных ФСБ России. Следственное дело Ф. Каплан фигурировало на нем как «вещественное доказательство» террористической деятельности эсеров. Так вот, на процессе были названы имена истинных участников покушения на В. И. Ленина. Это были Г. И. Семенов, который организовал слежку за Ильичем и направил убийц на завод, и его боевая подруга Л. В. Коноплева. Именно она предложила ЦК партии эсеров осуществить покушение на большевистского вождя, предлагая себя в качестве исполнительницы. В подготовке его участвовали также эсеры Тесленко, Усов и Ефимов. Сегодня историки полагают, что стрелять в вождя революции могли Л. Коноплева, 3. Легонькая, В. Новиков и А.