В 1911 году «бессрочницу» Каплан из Мальцевской тюрьмы отправили в Акатуй, на Нерчинскую каторгу – самую страшную в России. И не просто отправили, а в ручных и ножных кандалах. В Акатуе она познакомилась с известной революционеркой Марией Спиридоновой и под ее влиянием из анархистки превратилась в эсерку. Однако вскоре незрячую узницу поместили в лазарет, где находились больные прогрессивным параличом, слабоумием и скоротечной чахоткой. Здесь уже было не до идей: полная безысходность. Положение стало меняться с 1912 года, когда врач, инспектировавший пенитенциарные учреждения Нерчинского края, осмотрел Фанни и, увидев, что ее зрачки реагируют на свет, посоветовал перевести Каплан в Читу. В следующем году в связи с 300-летием дома Романовых пребывание Фанни на каторге сократили до 20 лет, а затем положили ее в специальную лечебницу, где ее зрение стало улучшаться. Родители Каплан к тому времени эмигрировали в США, а она оставалась на каторге до Февральской революции 1917 года.
После освобождения Фанни некоторое время жила в Чите, а в апреле переехала в Москву. Здоровья не было, зрение не восстанавливалось. Товарищи по партии эсеров отправили ее подлечиться в Евпаторию, где Временное правительство, проявив заботу о жертвах царизма, открыло санаторий для бывших политкаторжан. Затем она приехала в Харьков, в клинику известного офтальмолога Л. Л. Гиршмана, где ей была сделана операция. Здесь Каплан и застало известие об Октябрьском большевистском перевороте. Из Харькова Фанни вновь переехала в Крым и некоторое время вела в Симферополе курсы по подготовке работников волостных земств.
А дальше была Москва. Как попала туда Каплан и чем занималась до 30 августа 1918 года, неизвестно. Здесь, пожалуй, уместно будет опять упомянуть о ее дружке по киевскому делу – Я. Шмидмане. В марте 1917 года он вышел из тюрьмы. Оказалось, что его настоящее имя – Виктор Гарский,