Lo más notable de esta determinación de Bolívar —producto de la ignorancia de la realidad americana por parte de los próceres de la independencia, muchos de ellos provenientes de muy distantes lugares del continente, unida a la actuación arbitraria de estos, interesados en rehacer libremente el mapa de América, y a la generalizada inestabilidad producida por el proceso emancipador— fue que la ocupación de territorios pertenecientes al Perú y a Chile y su asignación a una entidad nueva, de naturaleza mediterránea y altiplánica, no generara reacción alguna en los países afectados. Al margen de las normas de la legislación indiana y de la cartografía de la época, muy imprecisa, como se ha indicado, pero perfectamente clara en cuanto a fijar el límite norte de Chile con el Perú —y no con el virreinato del Río de la Plata, al que perteneció el Alto Perú desde 1776, y que nunca pretendió tener costa en el Pacífico— ya en el río Loa61, ya en el Salado o en puntos intermedios, son numerosísimos los testimonios que muestran la presencia de chilenos y los actos positivos de jurisdicción del gobierno en el territorio del despoblado de Atacama. Baste recordar las encomiendas de indios changos que habitaban en la costa otorgadas al conquistador Francisco de Riberos Figueroa, vecino de La Serena y a sus descendientes, todavía en el siglo XVIII62, o los reiterados actos jurisdiccionales del gobernador Ambrosio Higgins, pasando por la concesión de mercedes de tierras, como la de Paposo dada al corregidor de Copiapó Francisco de Cisternas63. Al dar Chile sus primero pasos con alguna autonomía, de no menor importancia fueron los censos realizados en el territorio de Paposo, como el de 1813.
El descubrimiento de guano en Mejillones y de yacimientos de cobre en las proximidades llevó a la dictación de la ley de 31 de octubre de 1842, que declaró de propiedad nacional los guanos de Coquimbo, del desierto de Atacama y de las islas adyacentes. Esto originó un largo debate con Bolivia —matizado con solicitudes a Chile de su mediación ante el Perú para lograr la cesión de Arica—, que se examina en detalle más adelante, y que concluyó con la firma, el 10 de agosto de 1866, de un tratado que fijó como límite entre ambos países el paralelo 24 de latitud sur. Se agregó en el citado instrumento que los derechos de exportación del guano y de los minerales extraídos entre los paralelos 23°, un poco al norte de Punta Angamos, y 25°, casi exactamente en Paposo, se repartirían por mitades entre ambos países. Otro tratado, suscrito el 6 de agosto de 1874, sustituyó al anterior convenio, pero dejó subsistente el límite. Lo que interesa subrayar, en consecuencia, es que a partir de 1866 y hasta 1881, término del periodo aquí examinado, Chile deslindó con Bolivia por una línea recta de mar a cordillera, el paralelo 24° de latitud sur.
Los límites con Argentina no debían dar lugar a dificultades mayores, pues un elemento natural, la cordillera de los Andes, separaba a ambos países. Tal deslinde era, sin embargo, bastante más complejo que lo imaginado en la primera mitad del siglo XIX. ¿Qué criterios habrían de utilizarse para determinar cuál de los varios cordones longitudinales que forman la cordillera era el límite preciso entre Chile y Argentina? En segundo lugar, el análisis de los títulos coloniales agregaba una nueva dificultad. En efecto, el distrito que se le asignó a Pedro de Valdivia para su gobierno en 1548 y 1554 tenía un ancho de 100 leguas, lo que explica que las provincias de Tucumán y Cuyo pertenecieran a Chile, la primero hasta 1563 y la segunda hasta la creación del virreinato del Río de la Plata en 1776, fecha en que fue incorporada a este. Su límite sur, el río Diamante, quedó, pues, como límite norte del Chile transandino, y su límite oriente, el meridiano 65°, que llegaba al Atlántico al sur de la península Valdés, “la península San José, en latitud 42°”, como escribió con precisión Bernardo O’Higgins al indicarle al capitán inglés Coghlan los deslindes de esa parte del país. Son bien conocidos los intentos de los jesuitas de Chiloé de establecerse en las riberas del lago Nahuel Huapi, pero salvo iniciativas de índole misionera, no hubo esfuerzos desde el Chile “antiguo” por conocer y ocupar la Patagonia oriental.
La toma de posesión del estrecho de Magallanes el 21 de septiembre de 1843, el establecimiento del fuerte Bulnes y la posterior fundación de Punta Arenas dieron origen a una tardía protesta argentina, de 15 de diciembre de 1847, en la que el canciller transandino alegó derechos de su país en la región. El gobierno chileno invitó al de Buenos Aires a que ambos exhibieran sus títulos de dominio, lo que no fue aceptado en ese momento por Argentina. Sin embargo, en 1856, al firmarse entre Chile y Argentina un tratado comercial, se incluyó un artículo, el 39, que se refirió a la cuestión limítrofe y dio las bases para resolver las posibles diferencias:
Ambas partes contratantes reconocen como límites de sus respectivos territorios, los que poseían como tales al tiempo de separarse de la dominación española el año de 1810, y convienen en aplazar las cuestiones que han podido o pueden suscitarse sobre esta materia para discutirlas después pacífica y amigablemente, sin recurrir jamás a medidas violentas, y en caso de no arribar a un completo arreglo, someter la decisión al arbitraje de una nación amiga.
Como puede apreciarse, se estableció allí un criterio central en materia de delimitación fronteriza, el principio conocido como uti possidetis de 1810. Aunque esta materia se trata en otros capítulos, es necesario advertir que las negociaciones para llevar adelante la delimitación fronteriza no fueron fáciles. En efecto, los diversos intentos de 1865, 1872, 1876, 1878 (con un tratado ad referéndum rechazado por Chile) y 1879, coincidiendo con el comienzo de la guerra con Perú y Bolivia, se realizaron en buena parte en un ambiente hostil y cargado de tensiones y amenazas. Las autoridades chilenas, al tratar por todos los medios de asegurar para el país en forma prioritaria el estrecho de Magallanes en su totalidad, se despreocuparon paulatinamente de mantener una defensa de los derechos nacionales en la Patagonia oriental, territorio acerca del cual había una llamativa unanimidad para considerarlo inútil. Y mientras el énfasis de los debates entre los negociadores se ponía en la calidad de los títulos alegados por una y otra parte, Julio A. Roca, desentendiéndose con realismo de ellos, impulsó, con la Campaña del Desierto, un sostenido proceso de ocupación del territorio patagónico por Argentina.
El 23 de julio de 1881, seis meses después de que las fuerzas chilenas ocuparon Lima, el cónsul general de Chile en Argentina Francisco de Borja Echeverría y el canciller transandino Bernardo de Irigoyen suscribieron finalmente un tratado que fijó los límites entre ambos países y consultó el arbitraje como medio para resolver las diferencias que pudieren surgir entre ellos. En el citado instrumento se estipuló que el límite entre Chile y Argentina sería, de norte a sur y hasta el paralelo 52° de latitud, la cordillera de los Andes. La línea fronteriza correría en esa extensión “por las cumbres más elevadas de dichas cordilleras que dividan aguas y pasará por entre las vertientes que se desprenden a un lado y a otro”. El estrecho, con ambas orillas, quedó bajo la jurisdicción de Chile y neutralizado. Al norte del estrecho el límite fijado fue una línea que partía de Punta Dungeness, en su boca oriental, se prolongaba hasta Monte Dinero, continuaba hacia el oeste siguiendo las mayores elevaciones de la cadena de colinas existentes allí, hasta tocar en la altura de Monte Aymond, en el meridiano 69°30. Desde allí se prolongaba una línea hasta la intersección del meridiano 70° con el paralelo 52°, y de ese punto seguía un trazo recto hacia el oeste coincidiendo con dicho paralelo hasta el divortia aquarum de los Andes, próximo al meridiano 72°. Los territorios al norte de esa línea serían de Argentina, y de Chile los situados al sur.
En cuanto a la Tierra del Fuego, se convino en dividirla por una línea que, partiendo del cabo del Espíritu Santo en la latitud 52°40’, se prolongaría hacia el sur siguiendo el meridiano 68°34’, hasta tocar en el canal Beagle. La parte occidental de la isla sería chilena, y argentina la oriental. Las islas de los Estados, los islotes próximos y las demás islas en el Atlántico al oriente de la Tierra del Fuego y costa oriental de la Patagonia pertenecerían a Argentina, quedando para Chile todas las islas al sur del Beagle hasta el cabo de Hornos y las situadas al occidente