Своє ставлення до незалежності України Масарик сформулював задовго до Першої світової – воно було негативним. Відокремлення України могло, на його думку, істотно послабити Росію, яка виступала як головна протидія німецькій експансії на Сході Європи. Водночас Масарик, на відміну від переважної більшості чеських проросійських політиків, не повторював і не підтримував тверджень російських шовіністів про «штучний» характер української мови, про те, що український рух інспіровано німецьким та австро-угорським генштабами. «Малороси відрізняються від великоросів не лише діалектом, але й умовами господарювання, землею, кліматом. Малорос має інший характер ніж великорос внаслідок усього свого світогляду… Для малороса великоросійська мова є зовсім штучною», – писав він ще 1905 року. А 1908 року в австрійському парламенті рішуче підтримав депутатів-українців, які давали відсіч намаганням галицьких москвофілів Маркова та Глібовицького запровадити російську як офіційну мову для «руського» населення Галичини.
1917 року Масарик уважав, що Україна повинна отримати якнайширшу автономію в складі Росії, але… в складі. Тому Масарик та його однодумці вкрай негативно сприйняли IV Універсал Української Центральної Ради, який проголошував повну незалежність нашої країни. Адже він практично збігся в часі з Брестським миром – Україна уклала не просто мир, а й військово-політичний союз з німцями та австрійцями – заклятими ворогами чехословаків. В Україні над 50 тисячами легіонерів, які за австрійськими законами були зрадниками батьківщини, нависла смертельна небезпека. Саме тоді Масарик заявив про розірвання договору з урядом УНР і домовився з більшовиками про вільний вихід легіону, проголошеного частиною французької армії, до Владивостока через Сибір, а звідти Тихим і Атлантичним океаном – до Франції.
Практично ніде в українських джерелах не згадується, що в той час, коли українські хлопці гинули під Крутами, намагаючися зупинити банди Муравйова, під Борисполем, Пирятином, Лохвицею стояли добре навчені, озброєні і дисципліновані війська – чехословацький корпус, який за чисельністю переважав як військо УНР, так і більшовиків. Їхнє втручання в боротьбу могло б стати вирішальним, і історія могла б розвиватися іншим шляхом. Але не стало – Масарик декларував невтручання легіонерів у внутрішню боротьбу в Росії.