Итак, Наполеону пришлось снять и польский корпус, и более боеспособные корпусы в Испании – он направил боеспособную армию в Россию. И ещё более осложнил своё положение в Испании.
Утром 12-го июня 1812-го года наполеоновские войска переправились через Неман, фактически начав войну. Русские войска в тот момент были расположены очень неудачно. Три армии находились одна в ста, другая – в двухста километрах от третьей, и у них не было единого управления. 1-я и 2-я Западные армии, тяжело отбиваясь от противника, отступили вглубь страны, стараясь при этом объединиться. Наполеон всячески мешал этому. Сумев вывести свои войска из-под удара противника, многократно превосходящего русских по силам, Барклай и Багратион соединили армии в Смоленске. Барклай де Толли как военный министр возглавил объединенную армию, однако не стал оборонять Смоленск до конца, на чём настаивало большинство генералов. Он считал: время решающего сражения ещё не пришло. Русские вооружённые силы продолжали отступление, изматывая противника в непрерывных столкновениях.
Находясь в Смоленске, Барклай подписал несколько воззваний, призывающих все слои населения браться за оружие, создавая партизанские отряды для борьбы в тылу врага. По его приказу создан один из первых военно-партизанских отрядов во главе с бароном Фердинандом Фёдоровичем Винцингероде для борьбы с противником на Петербургской дороге. Ошибочно мнение, приписывающее идею партизанской войны кому-то иному. «Иноземец» Барклай был первым из высших генералов, кто о том позаботился. Кстати ещё в 1808-м году во время русско-шведской войны Барклай во время продвижения со своим корпусом в финскую провинцию Саволакс встретил мощный отпор со стороны хорошо организованных партизанских соединений. Руководил партизанским движением полковник Юхан Август Самуэлевич Сандельс (в дальнейшем – генерал-фельдмаршал и наместник Норвегии), применяя как военные знания, так и чрезвычайно выгодные условия местности. Именно тогда Михаил Богданович воочию убедился в эффективности партизанской войны.
Идею такой войны развивал и один из ближайших помощников Барклая – один из руководителей русской разведки (в дальнейшем – военный писатель и переводчик) генерал Пётр Андреевич Чуйкевич (1783–1831). Барклай обратил на него внимание, как только стал военным министром – он искал молодых грамотных офицеров, способных к аналитическому мышлению. Министр лично предложил отставному капитану должность в возглавляемом им ведомстве.
В 1810-м году Чуйкевич поступил в Секретную экспедицию Военного министерства. Барклай создал её для общего руководства разведывательной деятельностью против главного противника России – империи Наполеона. В архивах военного ведомства сохранилось много документов, составленных Чуйкевичем. Он готовил списки лиц, подозреваемых в шпионаже, направлял агентуру за границу, получал и обрабатывал разведывательные