В 539 г. до н. э. Вавилонию завоевывает персидский царь Кир, с именем которого изгнанники из Иудеи связывают возможность возвращения на родину. Эти надежды оказались не безосновательными. Уже в 538 г. до н. э. Кир издал декрет, разрешающий изгнанникам вернуться в Иудею ради восстановления Храма в Иерусалиме. Этот декрет отразил особенности политики персидских владык. Для укрепления своей власти и влияния в покоренных странах и провинциях они считали необходимым опираться на традиционные для них культы, не навязывая собственных религиозных представлений и канонов. Восстановление Храма в Иерусалиме должно было не только возвеличить Кира, но и обеспечить ему поддержку религиозного сословия и народных масс. Это было особенно важно в условиях, когда Персия почувствовала необходимость создания военной опоры на подступах к Египту. Кроме того, Иерусалим воспринимался Киром как типичный для Месопотамии того времени храмовый город-государство. Об этом свидетельствует изданный им декрет, регламентировавший поствоенную жизнь Иудеи и Иерусалима. Израиль и Самария даже не были в нем упомянуты, поскольку столица Израильского царства не воспринималась как религиозный центр.
Восстановление Храма шло медленно не только по объективным причинам, но и потому, что вернувшиеся на родину иудейские изгнанники не хотели иметь ничего общего с местным населением, в частности с самаритянами, полагая их отступниками от веры отцов. Результатом были многочисленные интриги при персидском дворе, которые позволили самаритянам добиться замораживания строительства. Возобновлено оно было лишь при персидском царе Дарий, и в 516 г. до н. э., т. е. через семьдесят лет после разрушения Храма, он был вновь возведен. Период с 516 г. до н. э. до 70 г. н. э. вошел в историю как период Второго Храма.
В это время в Иерусалим и его окрестности прибывает из Вавилонии новая большая группа изгнанников во главе с одним из высокопоставленных чиновников персидского двора Эздрой, направленным персидским царем для внедрения новой судебной системы. Провинция приобретает особый автономный статус, регулируемый персидскими законами и собственным гражданским уложением, в основу которого положены религиозно-правовые нормы Торы.
В 332 г. до н. э. Палестина завоевана Александром Македонским, что положило